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造成牙齒齒蛀牙的原因，是食物的殘渣積留在牙齒表面，而後形成蛀牙的細菌便利用食物的殘渣作為營養的來源，不斷地繁殖增長，同時還製造出一種酸性物質，這種酸與牙齒接觸後，能慢慢地溶解牙齒的鈣質而形成齲蝕，稱為「齲齒」，也就是「蛀牙」。

形成蛀牙的因素，可以歸結為下列四項：(1)牙齒(2)食物(3)細菌(4)時間。我們可以用一個四連環的圖形來表示四者之間的關係。也就是說，如果沒有牙齒就不會蛀牙。即使食物附著於牙齒上，若是無細菌進行分解活動，也不會有蛀牙。而就算是有細菌在口腔中分解食物產生了酸，但只要馬上刷牙刷乾淨，讓這種酸沒有時間和牙齒作長時間接觸，也就不會有蛀牙了。必須牙齒、食物、細菌和時間四者兼備，才會形成蛀牙。

蛀牙是由琺瑯質向象牙質漸次進行的，牙齒表面形成小洞時，食物便會嵌入其中，成為微生物繁殖的最佳場所。新近的理論認為酸蝕牙齒表面琺瑯質的機轉為琺瑯質的去礦化和再礦化，而適當濃度的氟離子則可促進再礦化預防微觀蛀蝕現象的發生，這種理論並已在實驗室電子顯微鏡下證實齲齒初期（肉眼還觀察不到時）使用適當濃度的氟化物可使琺瑯質生成防止齲齒的產生。