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大明嘉靖王朝，倭寇猖獗，嚴嵩父子把持朝政，不事抗倭。將領戚繼光雖有報國之志，但面對困難的局面有些力不從心。
在倭寇的殺戮中，少年月空失去了母親，大腳僧搭救了月空，把他帶到了少林寺。
15年後，月空隨方丈出席祭海大典，路遇日本女孩一本秀子和劍客風語，活潑的日本女孩秀子愛上了月空。在少林寺，秀子謊稱是月空的妻子，引起軒然大波。
月文和月空奉命下山，奔赴前線，為戚繼光訓練士兵。月文與月空武功雖然高強，但是出家人慈悲為懷，缺乏軍人氣質，與強調軍法的戚繼光發生了不少矛盾。少林弟子進入紅塵之中，是非也悄然而至。一個被倭寇折磨得家破人亡的苦命女子李若蘭邂逅了月文，而因為秀子，月空和風語的糾葛越來越深。
倭寇突然發動進攻，戚繼光帶著尚未訓練完畢的老弱病殘與倭寇進行了殊死搏鬥，這時候，月文發現了一個秘密，他的親生父親居然是通倭的大海盜汪直。
汪直離間月文與武僧，他利用月文，除去了月文的師父大腳僧。月文悲痛欲絕，汪直滿眼含淚告訴月文，其實自己也是受害者，他不是倭寇，也不是海盜，他只是商人，他一直想走正路，他想做一個好人，但是嚴嵩父子卻沒有給他做好人的機會，這一切他都沒有錯，錯的是這個世界。
大腳僧之死，讓月空充滿仇恨，月文已經敗壞了少林寺和少林武僧的榮譽，他一定要除去月文。
李若蘭被汪直綁架，她的父親掌握著一個秘密。汪直要通過李若蘭要挾她的父親。月文趕到汪直的大本營，汪直強迫月文與李若蘭成婚，新婚之夜，李若蘭將刀刺向了月文。
當刀刺中月文之後，李若蘭才發現月文是來臥底的，月文想利用自己與汪直的關係幫戚繼光刺探消息。月文帶著倭寇的情報與李若蘭悄悄離開倭寇大營，這時候汪直出現了，月文送走了李若蘭，自己的雙腳卻被父親砍斷。
月空知道自己誤會了月文，他捨命救回了月文……
在月文、月空的幫助下，戚繼光創立了鴛鴦陣法，抗倭形勢也開始轉守為攻。此時倭寇卻從葡萄牙人手裡買來了新式的火槍，形勢再次發生變化……
面對新式火器，武僧們毫不猶豫，勇敢地走上第一線。戰場上，風語和月空進行了震古鑠金的決戰，……最後月空的棍法勝一籌……
汪直在陀門島一戰後逃離，被胡忠憲誘捕後死在獄中。俞大猷和戚繼光因抗倭有功，成為一代名將。多年以後，戚繼光來到少林寺，在埋放著少林武僧骨灰的塔林裡，想起月空和那三十棍僧，他不禁潸然淚下……
分集劇情：

第一集
倭寇進犯山東，登州衛指揮戚景通按兵不動，他的兒子戚繼光非常不解，父親為何不去抗擊倭寇？
幾個來自少林的行腳僧經過被倭寇洗劫過的梅家村，發現還有一個倖存的男孩小順，小順被帶到了少林寺，與一個調皮的男孩小福一起落了發，小順的法號為月空，小福法號月文。
　十五年後。
月空和月文都已經長大成人，山東登州的戚繼光也繼承了父親的職位，擔負著抗擊倭寇的重任。
在戰場上，戚繼光所向披靡，為了一舉殲滅倭寇殘敵，他沒有向兵部禀報，便帶領兵馬闖入浙江，並衝撞了浙江總督萬表，結果身陷囹圄。
當世名將俞大猷救下戚繼光，目前，倭寇危害最嚴重的地方就是浙江，俞大猷希望戚繼光與自己浙江一同抗倭。戚繼光意氣風發，重新披掛上陣，但當他到寧波衛履職的時候，才發現這裡的情況糟糕得無法想像。

第二集
此時，朝中主和派佔了上風，左都御使胡宗憲將作為欽差大臣前來浙江，準備舉行一場祭海大典，解除海禁。 “市通則寇轉為商，市禁商轉為寇”，如果海禁解除，倭寇也將不攻自滅。
少林寺的小山方丈接到邀請前來觀禮，月文動心了，他很想藉這個機會回家看一看，可當月文回到徽州，才發現他的家在十五年前就搬走了。
月文失魂落魄地來到了寧波，他沒有找到月空，卻倒在了一心客棧的門口。來自山東的善良姑娘李若蘭幫助了月文。
月文找到月空以後，發現月空也在寧波認識了一個漂亮女子秀子，而秀子是個日本人，她的隨從也是日本第一武士——風語。
戚繼光懷疑風語和秀子兩人是倭寇的奸細，而月空認出了戚繼光，他恨戚繼光，在他的眼裡，戚繼光的父親就是梅家村被滅的罪人，月空出手救下秀子和風語，但自己和月文卻被戚繼光抓進大牢。
風語闖入大牢，救出了月空和月文。

第三集
　祭海大典開始。人群中卻突然冒出幾名刺客，大典一片混亂。月空與月文陰差陽錯救下胡宗憲。
　秀子也在混亂中受了箭傷。月空為秀子療傷，傷倒是不重，但是秀子聲稱自己還有一種奇怪的病，月空無能為力，他只能請小山方丈親自為秀子醫治，可小山已經離開寧波，返回了少林寺。
臨走前，月文再次去找李若蘭，他注意到李若蘭一直沒有笑臉，就問她整天冷著臉，是不是因為自己欠她錢。李若蘭被逗笑了，這個笑容成了月文最甜蜜的記憶。
月文告訴李若蘭其實他還沒有受戒，並不是真正的僧人，但李若蘭不想跟月文有太多的糾纏，她也是梅家村人，不過當年村子被洗劫後，她沒有看到父親的屍體，她堅信父親還活著，十五年來，唯一支撐她活下去的就是尋找父親。
面對大典上無辜死傷的百姓，本地的商人也是大善人汪直不僅請了最好的大夫來為傷者醫療，還捐助了不少財產讓死者得到撫卹。
但隨後汪直就去了海上，與他會面的是當朝權臣嚴嵩的兒子兵部侍郎嚴世蕃，原來這次刺殺行動是由他們兩人一手策劃的，而汪直就是倭寇的首領——五峰船主，通敵的就是主張海禁的嚴世蕃。嚴世蕃愛財，只有海禁，他才能獲取最大的利益。深受儒家影響的汪直雖然擁有巨大的財富，但是學而優則仕，他想的是嚴世蕃能給他謀個一官半職，然後衣錦還鄉，光宗耀祖。
戚繼光追查破壞大典的內奸，他順藤摸瓜，盯上了一心客棧。

第四集
月空帶秀子走在去少林寺的路上，一路上風語對秀子照顧有加，但秀子卻毫不領情，在月空為秀子療傷的時候她的心也被月空俘虜了。
　月空很尷尬，也很迷惑。迷失的不止月空，月文迷得更厲害，月文看著月空背上的秀子，總不自覺想起李若蘭。
　夜晚，月空點起了篝火取暖。第二天，等他醒來時，突然發現秀子睡在了他的懷中，睡夢中的秀子，還帶著甜甜的微笑。
風語再也無法忍受這樣的局面，他不想看見月空，他與月空分道揚鑣。
一心客棧終於有了動靜，就在客棧老闆娘孫海清帶人與倭寇交易的時候，戚繼光也尾隨而至，他發現原來海清的哥哥就土倭的頭目──孫海嘯，而海清就是倭寇安插在寧波城的內奸。
戚繼光突然出兵，收復了一個被倭寇佔領多年的小島，還解救了大量難民。李若蘭在難民中間尋找著自己的父親，儘管最後她並沒有如願，但在一定程度上緩解了她與戚繼光的關係。

第五集
戚繼光的突襲雖然成功，但也暴露了浙江官兵戰鬥力低下的事實，戚繼光希望建立一支新軍。可俞大猷沒有軍費，身為少林俗家弟子的俞大猷準備親自前去少林，請少林武僧下山，幫助戚繼光訓練軍隊。
月空和月文剛回到少林寺，就被罰面壁思過。
秀子甩開風語，獨自來到少林寺，為了見到月空，秀子聲稱自己是月空的妻子，她的謊言在僧人中間引起了強烈的震動。
月空將事情的前因後果原原本本地告知了小山，可當小山為秀子把過脈之後，卻發現秀子根本就沒有病。
氣憤的月空將秀子趕出少林寺，委屈的秀子只求他送自己一程，月空忍住怒氣將秀子送了一程又一程，最後終於停下了。秀子給了月空一個選擇，一個是要他還俗，另外一個是自己死，月空會選擇哪個？
月空不語，秀子突然向著懸崖跳了下去。

第六集
　懸崖下面是個深潭。出家人慈悲為懷，救急扶危，月空不能見死不救。但他中計了，熟悉水性的秀子反而把月空纏在了水里。
當兩人從深潭中爬出來的時候，正看到怒氣沖衝的風語，風語一定要月空死在自己的刀下，他大鬧少林寺，直到大腳僧出現，才用少林伏魔棍制服風語。
月文強烈要求與俞大猷下山抗倭，小山答應了月文。佛法在世間，不離世間覺，這不僅可以讓月文更好地理解佛法，還可以救國救民。
海清突然收到命令，讓她殺掉戚繼光，就在海清計劃時，寧波衛所的劉千戶來了。劉千戶對海清垂涎已久，當他對海清施行暴力的時候，戚繼光不期而至。

第七集
為了嚴肅軍紀，戚繼光殺了劉千戶，此舉完全扭轉了海清對戚繼光的態度，但劉千戶是浙江總督萬表的表弟，這為戚繼光以後的抗倭帶來了很多不利影響。
月空與月文在俞大猷的帶領下來到了戚繼光的軍營，在士兵們的慫恿下，戚繼光和月文進行了一場比試。
月文的功夫超過戚繼光，但月文出手過於慈悲，反而被戚繼光刺傷，本來與戚繼光就有不少矛盾的月文更加憤怒，他一定要報這一槍之仇。
吏部的文書下達，汪直盼望已久的官職終於有了眉目，可等到宣布職位時，他大失所望，他僅僅被任命為布政司所屬軍器局中的副史，這幾乎是一個可以讓所有人忽略的職位。
汪直認定自己被嚴世蕃騙了，他立即安排養子毛海峰準備戰鬥，血洗寧波。

第八集
戚繼光檢閱月空的訓練成果，月空正從基本功教起，準備把手上的部隊全部訓練成武功高手，戚繼光告訴月空戰場上不是單打獨鬥，他讓月空多學習一些兵法。
　月文與戚繼光再次發生矛盾。惱怒的月文為了報復，將戚繼光的戰馬放掉，結果鬧出大亂，戚繼光決定將月文斬首示眾。
在俞大猷的干涉下，戚繼光放掉了月文，但月文卻不願意領戚繼光的情，甘願受罰五十軍棍。
月文的棍傷剛好，訓練時幾個士兵又遲到了，戚繼光當然不會放過違反軍紀的士兵，但月空將所有的懲罰一個人承擔了下來，此舉讓他贏得了士兵的愛戴。
為了與戚繼光劃清界線，月文決定建立武僧，正式樹起了少林武僧的大旗。

第九集
士兵們開始逃走，原來軍餉被萬表扣下了，戚繼光非常憤怒，但又無可奈何，他知道這是萬表對他殺劉千戶的報復。在戚繼光最困難的時候，俞大猷挪用軍餉暫時幫他度過了難關。
戚繼光設計了新的武器，交給軍器局，身為軍器局副使的汪直，答應幫助戚繼光打造更好的武器，但因為軍費無著結果仍然是竹籃打水一場空。
月文發現了一個既便宜又好用的新武器──毛竹，興奮的戚繼光利用毛竹設計了新的戰術。
毛海峰指示海清摸清戚繼光的戰術計劃，但海清故意拖延時間。毛海峰決定收買李若蘭，李若蘭有些矛盾，是放棄尋找父親？還是出賣自己的軍隊？
猶豫再三，李若蘭還是來到戚繼光的軍營。

第十集
李若蘭將戚繼光的作戰計劃交給了倭寇，倭寇立即出兵，正式進攻寧波。
大兵壓境之時，月文突然得到了父母的消息，原來他的父母就在蘇州，他立即趕了過去，可是見到父母之後，他的希望之火再次被撲滅，父親將他逐出了家門。
令人心悸的海螺聲在城外響起，倭寇攻到了寧波。戚繼光揮兵迎上，但面對氣勢洶洶的倭寇，戚繼光很難抵擋，他臨時改變計劃，將自己的主力部隊集合起來，準備擒賊擒王，然後各個擊破，他將阻截倭寇救援部隊的任務交給了月空。但臨陣之時，月空看到了倭寇陣營中還夾雜著不少難民，他一時慈悲，卻造成兵敗的局面，武僧損失慘重。
月文回來的時候，寧波已是一片廢墟。

第十一集
萬表終於找到藉口，將敗軍之將戚繼光抓了起來。
月文內心充滿絕望，他再次來到一心客棧，李若蘭告訴月文，十五年來，幾乎每個晚上她都會發現，白天所做的一切努力都是徒勞的，幾乎每個晚上都會絕望，但是最後她還是堅持下來了，因為每天太陽出來的時候，就是一個新的開始，每一個新的開始就會有一個新的結果，在沒有得到一個結果之前，她就會給自己一份希望。
李若蘭陪著月文一起看日出，新的一天到來了，月文也重新樹立了生活的信心。
為了救戚繼光，俞大猷得罪了萬表。俞大猷告訴戚繼光，在這樣惡劣的條件下抗倭，戚繼光必須做出適當的改變。

第十二集
山口大名從日本派來使臣，日本使臣與戚繼光在一心客棧相遇，戚繼光再次將懷疑的目光投向了海清。海清忍著委屈，答應戚繼光幫他查出奸細，沒想到卻查出了李若蘭。
戚繼光要親手殺掉李若蘭，但月文卻斥責戚繼光沒有感情。李若蘭為了尋找家人，出賣自己，她這樣做真的錯了嗎？矛盾的戚繼光最後還是放下劍，轉身走了出去，李若蘭其實也很後悔，她恨自己出賣了良心，她無法面對月文，也無法面對戚繼光，她逃開了。
海清安慰戚繼光，戚繼光不知道為什麼，他看著海清，想的卻是李若蘭。但是對海清來說，能與戚繼光坐在一起喝酒，本身就是一件值得興奮的事。

第十三集
戚繼光喝醉後，留在了海清的房間。海清把對李若蘭的了解告訴了戚繼光，戚繼光重新查找資料，終於發現了關於李若蘭父親李忠誠的一些新情況。十五年前，李忠誠是與一批抗倭軍費一起失踪的。
軍餉時有時無，武僧不僅訓練難以維持，生活也出現困難。月文去找汪直化緣，汪直隱隱約約地覺得月文似乎跟自己有某種關係。
軍餉終於發放了，但同時也傳來了一個不好的消息，俞大猷因為挪用軍餉一事，被萬表下了獄。
戚繼光經過調查，發現一些證據。十五年前，梅家村遭受攻擊的時候，父親之所以沒有出兵是得到了兵部的命令，他父親不是罪人，真正有罪的是兵部通倭的官員。

第十四集
戚繼光自從喝醉以後，再也沒有去過一心客棧，海清備好了酒菜，希望與戚繼光敘舊，但是戚繼光始終沒有出現。
秀子的父親其實是一本大名，風語跟隨她來到大明，不僅負責保護她，同時還肩負著一本大名的重托，與大明王朝聯合，大明王朝可以幫助一本大名統一日本，他也可以幫大明解決倭患。但是朝中無人難辦事，秀子準備找月空幫忙。但是她不能讓月空看見自己落魄的模樣，她將身上所有的錢都拿了出來，做了一身漂亮衣服，趕到了武僧訓練場。
汪直也來了訓練場，他將自己的侄子送過來參加武僧，表面上是讓他為國殺敵，事實上卻是做自己的眼線。
毛海峰在幫李若蘭找父親的時候，發現了倭寇首領宮本的秘密，宮本已經嚴重威脅到了汪直的地位。
　汪直決定借刀殺人，除掉宮本。

第十五集
　秀子病倒了。大雨中，風語抱著秀子趕向城中，他想搶一輛馬車，卻搶到了汪直的頭上。不過汪直不僅沒有責備風語，反而為了秀子請了最好的大夫。
汪直設下連環計，將宮本準備襲擊徽州商隊的消息報告了萬表，萬表親自帶領戚繼光、月文、月空，準備打一個伏擊。
戰鬥開始，萬表命令戚繼光進攻，卻讓月文、月空按兵不動，月文這才明白，萬表是想藉倭寇的刀殺掉戚繼光。月文沒有理會萬表的命令，率隊沖殺，救下戚繼光，殺掉了宮本。通過此役，月文與戚繼光的關係也大為改善。
宮本死後，汪直終於控制了整個列表山，他找到了李若蘭的父親李忠誠。

第十六集
毛海峰將李若蘭帶去了列表山，李若蘭見到了父親，但李忠誠卻不承認李若蘭是自己的女兒。
列表山上，來了一個新的倭寇首領——佐佐木，他前來取代死去的宮本。汪直發現，他根本無力與山口對抗。
一個流浪武士帶來消息，秀子這才知道，身在日本的父親在跟山口大名的戰鬥中失敗了，她現在是一本家族唯一倖存者。她終於明白父親把自己送到中國的真正目的，父親早就知道自己的命運，他唯一的希望就是秀子能活下來。
萬表搜刮了不少民財，準備為嚴嵩祝壽，但祝壽的船隊將會經過列表山，萬表把護航的任務交給了戚繼光。

第十七集
戚繼光缺乏準確的航海圖，他決定親自出海勘察。
毛海峰設置了一個圈套，準備讓李若蘭帶著李忠誠逃離列表山，然後悄悄跟踪，就可以將李忠誠所有的秘密都挖出來，但戚繼光的突然出現，打亂了他的計劃。
而李忠誠也知道了李若蘭為了尋找自己，出賣過戚繼光，他怒斥李若蘭。慚愧的李若蘭知恥後勇，她引開追捕的倭寇，救下戚繼光。
毛海峰的陰謀破產了，但李若蘭還有利用的價值，他決定以李忠誠相要挾，讓李若蘭查探戚繼光護航的計劃。
李若蘭再次充滿矛盾，如果完不成任務，她有可能再也見不到父親，但是如果為倭寇做奸細，大明軍隊可能全軍覆沒。在猶豫中，李若蘭被送回了寧波。月文欣喜若狂，但是戚繼光覺察到，李若蘭的回來不同尋常。
風語與秀子在汪直的誘騙下，去了列表山。

第十八集
在李若蘭最矛盾的時候，月文給了李若蘭信心。李若蘭連夜為戚繼光畫出了航海圖。
汪直收到了李若蘭的消息，立即制定計劃。戰場定在了兩個海島的中間，那是船隊的必經之路，只要佔了有利位置，勝券就可以握在自己的手中。
　為嚴嵩祝壽的船隊出海了。等汪直動手的時候，才發現船上根本不是普通的衙差，而是少林武僧，而戚繼光在海島上也早有埋伏。
一場慘烈的海戰過後，倭寇受到重創。
戰鬥取得勝利，戚繼光也向李若蘭承諾，他一定會幫李若蘭找到父親。
但月文卻沒有一絲興奮，仗雖然打勝了，但是自己的武僧也受了不少損失，更讓他憤怒的是，少林武僧里居然有奸細。

第十九集
海清得到消息，她的哥哥孫海嘯死在了這次海戰中。憤怒的海清衝進軍營，將刀對準了戚繼光。
戚繼光沒有反抗，他帶著海清走過被倭寇毀滅的村莊和店鋪，觸目驚心的現實讓海清也倍感痛苦，她只是失去了哥哥，可是倭寇的屠殺又使多少人家破人亡。戚繼光告訴海清，如果怪罪的話，她應該怪倭寇，這一切的罪魁禍首都是倭寇。
汪直對李若蘭恨之入骨，李若蘭給他們提供的是假消息。毛海峰帶人前去抓李若蘭，但是他們遇到了月文，月文救下了李若蘭，但自己卻落入了毛海峰的手中。
月文被活埋了，但這時候汪直卻確認了一件事，月文是自己的親生兒子，他救下月文，將身受重傷的月文送回了軍營。
毛海峰溜到了一心客棧，他落井下石，強暴了海清。

第二十集
飽受屈辱的海清親手毀了一心客棧，躲了起來。
月文養傷期間，大腳僧勸告他可以趁這個時間好好參禪，但是月文對參禪沒有興趣，他只想在這個時間好好地享受李若蘭的照顧，反正他也不是一個真正的僧人。
這一切大腳僧都看在眼裡，月文的紅塵劫難未了，月空呢，是不是還在想著秀子呢？
在列表山的秀子遇到了佐佐木，她與佐佐木發生矛盾，風語擊敗了佐佐木，但佐佐木反而用陰險的招數擊傷風語，在佐佐木要殺風語的時候，毛海峰阻止了。汪直需要風語，風語還有很大的利用價值。
風語見到了汪直，他很驚訝，原來五峰船主就是汪直，不過為了秀子，他還是放棄了尊嚴投靠了汪直。為達到目的，可以不擇手段，這是他跟佐佐木和汪直學會的。
歸國無期，報仇無門，風語又變了，秀子更加不安。

第二十一集
軍費無望，李若蘭與月文決定親自籌錢幫戚繼光建立水師，月文再次找到了汪直。
汪直答應月文，組織富商捐款抗倭。同時還傳來一個令人興奮的消息，萬表被解職了，戚繼光揚眉吐氣，他終於可以大展拳腳，全力抗倭了。
萬表解職，汪直的機會也來了，他對浙江總督的位子有些想入非非。
汪直給月文講了一個故事，二十二年前，貧困的汪直曾經與一個富家女子相愛，但由於門不當戶不對遭到女方家庭的拒絕，而這女子已跟自己珠胎暗結。後來，女子隨父母之命嫁了人，生下一個男孩。七年後，當汪直發了大財，回到家鄉才發現他們已經搬了家，孩子也不知去向。
　月文淚流滿面。他這才知道，為什麼他的父親將他送到少林寺，這強烈的打擊讓月文非常迷茫，他突然間感到整個世界都崩塌了，這是真的嗎？我到底是誰的兒子？我來自哪裡？我到底是誰？

第二十二集
發生在自己身上的事月文無法向任何人傾訴，這種事說出來只能讓自己蒙羞讓母親再次受到侮辱。當月文冷靜下來，他開始同情自己的母親，母親心中的苦又有誰能知道？
痛苦過後，月文還是承認了這個事實。汪直興奮地領著月文回到徽州老家。多年來，月文終於再次感受到了家的溫暖。他開始蓄法，準備繼承父親的事業。
胡宗憲被任命為新的浙江總督，消息傳來，汪直徹底絕望了，不管嚴世蕃的初衷如何，結果他仍然受騙了。
汪直心灰意冷，他回到列表山，看到這個據點，汪直頓時心生豪氣，列表山才是他的歸宿，他決定從現在開始，用所有的力量對抗大明政府。
　大戰即將開始。汪直明白，這次戰鬥將會決定自己的命運，他絕不能失敗，但是少林武僧是一支危險的隊伍。
汪直欺騙月文，讓他把大腳僧引了出來。

第二十三集
大腳僧中了埋伏，佐佐木與風語兩大高手同時攻擊，最致命的還有汪直的那一刀。月文沒有想到親生父親居然利用他來刺殺撫養自己十五年的師父。月文哀求汪直，但是汪直將月文打暈在地。
當月空帶著武僧趕來的時候，大腳僧早已氣絕。大腳僧的死給月空以沉重的打擊。月空似乎著了魔，他發誓不惜一切手段，向殺害師父的兇手報仇。
藏在武僧隊伍的奸細離開了，他臨走的時候，偷走了戚繼光的作戰計劃。
月文醒來的時候，正躺在去列表山的大船上，月文撲向汪直，他想為師父報仇，可他最終還是鬆開了手，汪直畢竟是自己的父親。
汪直當著月文殺死大腳僧的目的就是希望月文放棄幻想，他勸月文跟著自己，早晚他的基業都是月文的，而月文根本不想當什麼少船主，他一躍跳入大海。
新的浙江總督胡宗憲到任了，俞大猷官復原職。這時候李若蘭在海邊找到了奄奄一息的月文。

第二十四集
李若蘭救醒了月文，但是月文誰也不想看見，他消失在黑暗中。
胡宗憲開始著手招撫汪直的行動，同時他命令俞大猷、戚繼光做好開戰的準備。汪直也打算利用談判的機會除掉胡宗憲，為此他還購買了鳥銃和威力巨大的火砲──佛郎機，佛郎機足以將整個談判地點炸成廢墟。
戚繼光讓月空暗中保護胡宗憲，而月空卻想利用這個機會刺殺汪直。局勢瞬息萬變，結果是雙方都無法預料的，月空沒有殺掉汪直，卻陰差陽錯毀掉了汪直的佛郎機。
儘管月空無意中救下胡宗憲，但是戚繼光對月空一次次違反軍令的行為還是無法容忍，月空離開了軍營，脫離了武僧部隊，他現在唯一的目標就是報仇。
戚繼光感受到了解火器的巨大威力，他也需要火器，俞大猷答應向兵部請求軍費。

第二十五集
月空四處尋找風語，他沒有找到風語，卻發現了一個專殺倭寇奸細的黑衣女俠。黑衣女俠破壞了很多倭寇在寧波的聯絡點，然後將繳獲的物資悄悄送到戚繼光的軍營。
月空很詫異自己為什麼找不到倭寇，而黑衣女俠可以。他追踪黑衣女俠，原來所謂的黑衣女俠就是海清，月空希望海清幫他找到風語，海清提醒月空，他可以利用秀子。
月空綁架了秀子，秀子既意外又高興，高興的是她終於可以與月空在一起了，意外的是月空採取了卻是這種方式。
戚繼光購買火器的計劃被兵部拒絕了，他決定偷倭寇的火器，進行仿造。

第二十六集
倭寇向寧波再次發起進攻，武僧群龍無首，戚繼光希望月空回來，但卻遭到了拒絕，月空在等待風語，他要殺死風語。
戰場上，倭寇的火器非常猛烈，戚繼光的軍隊戰敗了，就在明軍如潮水一樣退去的時候，一群僧人出現了，小山方丈親自帶領三十少林棍僧逆流而上，救下了戚繼光。
戚繼光仿造的武器出現質量問題，就在他繼續嘗試的時候，收到了李若蘭被抓走的消息。毛海峰將李若蘭帶到李忠誠的面前，遭到了與她父親一樣的嚴刑拷打。
風語來了，但月空卻再次敗給了風語，月空痛恨自己的無能，他明明知道風語是殺大腳僧的兇手，卻無能為力。
秀子將自己對風語刀法的了解全部告訴了月空，但月空再也不想拿起那條讓他失望的鐵棍。

第二十七集
月空找到了月文，他痛打月文，甚至要殺死月文，但月文毫不在乎，如果要死，還有什麼比死在自己的兄弟手裡讓人感到安慰的呢？
月空停下了手，他很痛苦，汪直是月文的父親，可這不是月文的錯。
月文獨自坐著小船，趕向列表山，他要救回李若蘭，贖清自己所有的罪過。月空看著漸漸消失在大海中的月文，滿眼含淚，他知道，月文此行，將不會再回來。
果然，毛海峰對月文的到來非常懷疑，但汪直想感化月文，他放了李若蘭，還重新安置了李忠誠。他不僅需要感化月文，也需要月文感化李若蘭，如果李若蘭成為自己的兒媳，那李忠誠的秘密理所當然也該透露出來了。
李若蘭對月文認賊作父的行為非常憤怒，她拒絕接受月文。

第二十八集
李若蘭決定殺死月文，她將碗弄碎，從柱子上挖下一枚長釘。
被月空綁架的秀子纏上了月空，不勝其煩的月空趕秀子離開，秀子與他已經兩不相欠，但秀子發現她與月空的感情不僅沒有減少，反而越來越多。
月空經歷過生死，終於明白生命的意義，秀子只是紅塵中一顆美麗的泡沫，他決定重回軍營。月空向小山跪下，請求重新受戒，秀子質問月空，為什麼月文對她沒有半點慈悲。
無緣大慈，同體大悲，小山開導月空，如果從心裡真正地放下，就不該傷害任何一個人，當然也包括秀子。
當月空試圖開導秀子的時候，秀子卻失踪了。
月文與李若蘭的婚禮如期舉行，洞房內，李若蘭將準備好的釘子刺向了月文的胸口。

第二十九集
月文知道毛海峰還在監視自己，他假裝強暴李若蘭，卻趁機告訴她，其實自己是來救她的，如果能順利逃出列表山，他只能採取這種手段，李若蘭終於明白了。
為了不引起毛海峰的懷疑，月文與李若蘭躺在了一張床上，但是月文發現，現在他的心居然沒有一絲混亂。
月文按照汪直的指示開始套取李忠誠的秘密，但是李忠誠不僅沒有被打動，反而斷絕了與李若蘭的父女關係，十五年前他失去了女兒，現在是自己拋棄了女兒。
佐佐木向月文學習少林棍法，很快他就找到了少林棍法的破綻，月文更加迫切離開列表山，他與李若蘭一邊觀察列表山的布防，一邊找機會再次來到李忠誠的住處，悄悄告訴了李忠誠他們的行動計劃。
這時候風語也回到了列表山，他也有了一個新計劃。

第三十集
戚繼光找到了海清，他表白了自己的心跡，但海清已經無法接受戚繼光。
月文終於找到了一個機會，準備帶上李忠誠離開列表山，但他不知道自己所有的行動都在風語的監視下。
果然，在他們剛剛上船的時候，海螺號就響了起來，危急之時，月文擋住了毛海峰，毛海峰命令風語出手，但風語卻要毛海峰答應一個條件，抓住李忠誠，要分給自己一半的錢。
毛海峰拒絕了風語，親自帶領眾倭寇攻擊月文，將月文的腳筋砍斷。
重獲自由的李忠誠說出了當年梅家村滅亡的真正秘密，十五年前，他押運一筆抗倭軍費，卻被兵部的官員通知了倭寇，為防止倭寇搶劫，他將船弄沉，躲進了梅家村，沒想到卻給這個村莊帶來滅頂之災。
戚繼光打撈出沉船，有了資金，他開始在礦工和農民中招募兵源，並藉鑑少林羅漢陣創造出了一個新陣法──鴛鴦陣，但此時，兵部卻下令解散這支新軍。

第三十一集
胡宗憲頂住了兵部的壓力，命令戚繼光全力進攻列表山。
中秋節到了，戚繼光故布迷陣，他將一些老弱病殘留在了軍營，自己卻帶領士兵悄悄向列表山連夜進發。
戰鬥打響，戚繼光卻突然發現月空居然不見了，原來月空脫離了武僧，悄悄地迂迴到了倭寇堡壘的中心，當他看到癱瘓的月文時，眼淚頓時流了出來。他背上月文沖了回去，但風語出現在了兩人的面前，幾個武士也發現了月空，風語突然出手，倒下了的卻是那幾個武士。
月文被月空救了出來，向來以大局為重的戚繼光，這次沒有懲罰違反軍紀的月空，他也被少林武僧親如兄弟的情感打動了。

第三十二集
月文跪在小山方丈的面前，請求小山為他受戒。
在三十棍僧的佛號中，小山準備親自為月文剃度，這時候，李若蘭趕來了，不管她如何哀求，月文的決心已經不能改變。李若蘭終於明白，她喜歡的是一個無法擁有愛情的人。
月文與小山一起回了少林寺，臨走前，月文將改進的少林棍法告訴了月空。
戚繼光重新觀察列表山，他確信，如果以少林武僧為奇兵攻敵，將會給敵人出奇不意的打擊，他們將會贏得這場戰鬥的勝利，但是唯一讓他猶豫的是，月空帶領的武僧很可能全軍覆沒。
月空找到了戚繼光，他在救月文的時候發現了一個秘密，倭寇最堅固的堡壘中心也是汪直防守最薄弱的地方。儘管他的想法和戚繼光的一模一樣，戚繼光還是不能答應月空，他希望找到一個兩全其美的辦法。
汪直給風語下了一個命令──刺殺戚繼光。

第三十三集
風語找到了刺殺戚繼光的最好機會，但他卻突然改變了決定，他看到了秀子，秀子也來到了戰場上，她依然喜歡著月空。風語突然發現，這個世界對他最重要的不是權利，也不是忠誠，而是愛情。
風語要殺掉月空，但是他敗了，不過當那伏魔的鐵棍對準風語的時候，月空卻停下來了，他殺的不該是風語的人，而是他的魔心，我佛普渡眾生，而不是進行殺戮。
風語這一刻也突然大悟，他緩緩地坐下來，舉起了手中的刀，他要死在大明，向大明人贖罪。
秀子抱著風語的屍體，躺在了小船上，望著漸漸消失在大海中的小船，月空不禁嘆氣，這一切似乎像夢一樣，他們真的存在過嗎？
給戚繼光下決定的時間越來越少，當月空再次提出突襲的時候，戚繼光沒有拒絕，他只能用三十棍僧的生命換回一場胜利。
這時，俞大猷與胡宗憲也趕到了列表山。

第三十四集
戚繼光對待胡宗憲與俞大猷的態度很不客氣，他不希望有人干涉他的指揮，但是胡宗憲說，他今天只是一個普通百姓，而俞大猷也只是一個普通士兵。
但很快俞大猷就開始乾涉戚繼光了，讓月空突襲無疑於送死，但是戚繼光堅持了自己的決定，他別無選擇，這就是戰爭。
倭寇大部隊再次與戚繼光交戰，胡宗憲也親自拿起了一把刀與俞大猷上了戰場。但是令汪直奇怪的是，他居然沒有看到少林武僧，等他清醒過來的時候，月空已經帶領三十棍僧出現在他的身後。
月空與三十棍僧完成了任務，他們不僅毀掉了倭寇的佛郎機，還炸毀了倭寇的堡壘。但是他們也全軍覆沒，他們的肉身化成了一陣煙，風一吹，不知去了何處。
多年以後，老年的戚繼光來到少林寺，在埋放著少林武僧骨灰的塔林裡，想起月空和那三十棍僧，他不禁潸然淚下……
　 （全劇終）