但此方法有一缺點,對於擴散係數較慢的樣品,需增加其磁場梯度,但磁場梯度增加時公轉頻率變化大,自旋回響變快,若此樣品之擴散慢時,分子擴散在自旋回響衰褪時間內尚未被觀察得到,便無法測得此樣品的擴散係數。最近採用脈衝磁場梯度(Pulsed magnetic field gradient)隨時間改變磁場梯度的方法(以脈衝加入shim coil內造成梯度變化),此即是利用脈衝磁場梯度測量擴散係數,主要的優點是磁場梯度和產生自旋一回響的脈衝並非同時,故磁場梯度之強度可以增加,對於較小擴散係數的樣品即可偵測,其次因為僅在某段時間擴散作用自旋一回響有影響,時間明確,使測量更精確。