醫道劇情
第一章醫世情緣
許浚的父親平安道龍泉郡首（相當於縣令），母親是妓女，因為出身卑微、備受歧視，因此雖然他天資聰穎，卻終日放蕩、不求上進。有一天，他在偷襲走私商的過程中認識了多喜，被她事親的孝心感動因而對她關懷備至，在幫助她的過程中目睹了針術的奧妙，之後，多喜的父親去世，深愛多喜的他便一肩承擔起照顧多喜的責任。
後來，許浚被誣告走私，被捕入獄，幸被向來冷漠的父親營救。他帶著他的母親和多喜離開故鄉，前往慶尚道山陰，但因迭生的意外事件，倆個人被拆散。他與母親到達山陰，在一位叫具一書的獵手的幫助下勉強安置下來。
有一天，為了醫治母親的急病尋找醫生的過程中遇到了山陰的名醫柳義泰。經過一番曲折成了柳義泰家中的挑水雜工，開始了他的醫術生涯。但是，嚴重的歧視和柳義泰的冷漠，讓他倍受艱苦。幸而在一個偶然的機會，他認識了客居柳家，的才女睿珍，睿珍欣賞他的學問及人格，開始教導他關於藥草的相關知識……
第二章命運迭宕
此後，憑著誠懇的態度與執著的信念，再加上睿珍的真心教導，許浚以雜工身分開始學習草藥醫學，突飛猛進的醫術受到了所有學徒的嫉妒--尤其是柳道知。因為他愛慕睿珍已久，在得知睿珍與許浚過從甚密之後，他開始刻意打壓、陷害許浚，對此，備受艱難的他幾欲放棄學醫生涯。幸而他與多喜再度相逢，並得到母親同意讓他娶多喜，對此，睿珍雖然感覺落寞，但仍舊盡心教他藥學知識。
在兩個鍾愛他的女子極力支持鼓勵下，他更堅定鑽研醫術的志向，經過屢挫屢戰的辛勤努力，他終於得到師父柳義泰的肯認，只是，不幸因為道知的嫉妒，他被誤會收賄而被驅逐出醫院。他在滂湟和絕望之中遇到了名醫金民世，這番奇遇讓他得以專心鑽研整理自己的醫術，去漢陽赴考。
考試前夕，他為了醫治緊急患者沒趕上準備已久的科舉考試，反而以小偷的罪名被監禁。但是這件意外讓他聲名大燥，師父柳義泰被他的仁心感動，重新收他為名下弟子，此事讓中科舉的柳道知與父親柳義泰之間起了衝突，兩人脫離父子關係。原本一直不願接受柳道知的睿珍，不願讓許浚在睿珍和多喜之間為難，於是選擇離開許浚與柳道知結婚。
這時，師父柳義泰一病不起，柳義泰為了許浚的解剖試驗，決定自殺，將自己的身體捐給許浚作為試驗品。為了實現師父的心願他更加奮發，終於在次年赴考，中了頭榜，前往漢陽醫院學習更高深的醫術……
第三章苦難再起
在漢陽醫院，許浚遇到了楊禮壽，在那裡得知楊禮壽是曾在三十年前與師父柳義泰開展針灸大戰的針灸大王，因敗在柳義泰手下而含恨在心。在楊禮壽的迫害下，他被發配到惠民所（形式同監獄），又開始了他痛苦的生涯。在惠民所裡，他在楊禮壽的牽制折磨下過著痛苦的日子，但是在此，他也認識了對他崇敬深愛有加的醫女-美霞，以及其它關心他、幫助他的許多朋友們。
暗花明終於，許浚得到機會與楊禮壽展開醫術大戰。在大王、重臣和內醫院所有人員的注視下，許浚以獨特精妙的醫術在極惡劣的環境下取得最後成功！楊禮壽和他的手下被趕出內醫院的要職，許浚成為人人崇敬的神醫，入主宮中成為御醫之首。
先祖二十二年，全國爆發傳染病大流行，許浚積極研究病症和藥方，緊接著出現的壬辰倭亂，許浚和母親、妻兒被拆散，與美霞為了保存醫書而努力著。後來，他在平安道定州與染病的睿珍邂逅，為了挽救睿珍，許浚投入了所有的精力鑽研……
第四章潛心治學
終於，戰爭結束，許浚與妻兒重逢，重整內醫院的醫療設備與醫書。先祖大王不顧大臣反對，破格將他認命為正一品崇錄大夫。
永昌大君出世之後，許浚的人生再次急轉彎，擁護永昌大君和擁護光海君的兩股勢力之間展開了激烈的政治鬥爭。雖然許浚一直身為光海君的御醫，但他堅持醫生只醫病，不過問政事的清高的態度引來政治迫害，被免去大夫之職。
先祖大王去世，光海君登基之後，許浚背負逆謀的罪名被判流放到南方。雖然生活顛沛流離，他在那裡獨自著述集傳統韓國醫學大成的“東醫寶鑑”。
終曲獻身蒼生
過了兩年的流放生涯，光海君赦免了他，但是不顧大王的挽回，他回到故鄉從事單純的醫療和著述，歷時十餘年，終於編纂完成“東醫寶鑑”。這時，又發生了全國性的瘟疫怪疾，全國上下群醫無策，光海君急召他入宮研究，終於成功研製出抗病處方，然而他自己卻因疲憊過度，不察自己也已染上此病，未來得及施以藥石，便死於妻子懷中，舉國哀慟扼腕……
分集劇情：
（1-6集）
許浚為龍川郡守之子，但母親是賤人出身，在階級制度嚴格的韓國，許浚只可與官宦之子一同求學，卻無法應試；縱使滿腹經綸，卻難展抱負，使他蒙受極大的恥辱，於是，他自甘墮落，終日與市井無賴為伍，流連煙花之地,甚至走私交易。許浚在張大夫家商量與清國秘密交易時，認識了前來求醫的多喜，多喜的父親是被冤枉的大逆罪人，在逃亡中病逝。許浚基於對多喜的憐憫，替其父安葬，並為多喜安身。
許浚為籌錢離開龍川及幫助多喜，與一幫兄弟再次冒險到渡頭交易，被官兵逮捕，將其押送回父親許綸的衙門處置。張大夫害怕秘密交易的事情敗露，告發許浚幫助大逆罪人舉行葬禮，許浚因此受到嚴刑拷問，幸被向來冷漠的父親營救。父親臨行前一晚的說話,令許浚深有所感,他帶著母親和多喜離開故鄉，前往慶尚道山陰，途中被同行的長番使令將錢財全部帶走。
許浚為籌足錢乘船，多喜向父親的好友閔大人求助，原來閔正是陷害他父親的人，多喜被閔捉走，許浚和母親也被閔的手下捉住。許浚打倒閔的手下逃出，冒險到衙門告發閔大人，解救了多喜，而多喜也隨之恢復官家小姐的身份，與多喜拆散後，許浚沮喪地與母親到達山陰，得知父親的朋友山陰縣監已辭官回到漢陽的消息後，使他非常失望。在獵手具一書的幫助下，許浚母子得以勉強安置下來。
許浚為了醫治母親的急病許浚來到山陰的名醫柳義泰的醫院求醫。見識過柳義泰高明的醫術後，許浚經過一番的曲折成為柳家的挑水雜工，開始他的求醫生涯。許浚受到柳家雜工的歧視，因不了解要挑什么的水作為藥材用水，使其受到柳義泰的責難。幸得客居柳家的餋女睿珍指點，教會他分辨水的種類，正確了解水質對用藥的關鍵。某夜，許浚看到睿珍在寫藥方，得知寫的是病人的病歷簿，裡面記載了藥名及處方。從此，許浚每晚深夜就去藥倉抄下藥方，但此事終被睿珍發現。
病歷簿記員吾根把錢全輸給具一書，於是到藥倉偷取名貴藥材，被許浚碰見，義泰的兒子柳道知叫來許浚問話，睿珍出面替許浚解圍。許浚勸吾根把偷了的藥材放回藥倉。義泰的夫人掌管著醫院的經濟權，要將沒有錢看病的人趕出醫院，剛巧義泰回來，病人才得以留下。道知不顧父親的反對，到漢陽參加科舉考試，義泰命許浚與道知同行。許浚因為到漢陽有望再見多喜而開心不已。在趕往漢陽的路上，道知遭到舉子的奚落，許浚駁斥舉子的問題，他學識令道知驚訝，要求許浚幫助他復習草藥知識。
（7-12集）
道知順利通過第一輪考試，許浚則在漢陽到處打聽到多喜的下落。道知進行第二輪科舉考試，針灸技術非凡，但因考官是父親的仇人御醫楊禮壽而名落孫山。道知憤怒不已想到內醫院理論，一考官告訴道知，十年前義泰也是同樣原因落榜，且義泰與楊的針灸比試中贏了。道知認為父親為逞一時之快而令楊禮壽難堪，認為這輩子也不能踏進內醫院，因此一蹶不振，終日沈迷酒色。良太帶著多喜來到山陰尋找許浚。
良太拜託一書找許浚，一書以為是找許浚尋仇的人，說許浚已離開山陰，多喜得知後暈到，被送到了義泰的醫院治療。從漢陽回來後，許浚得到道知的允許，開始擔任採藥工作。其間良太找到了許浚的母親孫氏，孫氏得知多喜來了山陰，為免許浚採藥回來見到多喜，便勸多喜及早離開，此事被睿珍所見。柳家的雜工故意叫許浚到經常有猛獸出沒的山壁採藥。
途中許浚迷路，因為太餓，吃了采回的草藥而中毒，幸得三積大師相救。道知受到科舉失敗的打擊，回到山陰後仍終日在妓房與酒為伍。許浚雖平安採藥回來，但又遭到雜工永達的嫁禍。許浚痛打了永達一頓出氣。睿珍被多喜對許浚的情義所感動，通知許浚到渡頭接回多喜。經過一番思想鬥爭，孫氏答應讓許浚和多喜完婚。道知受到父親義泰的斥責，重新振作回到醫院工作。因為欣賞許浚的學問及人格，睿珍開始教導他關於藥草的相關知識，並受到義泰的賞識。
一書的妻子想把許浚一家趕走，許浚和良太到處尋找棲身之所。道知之母吳氏一向不喜歡睿珍，但道知對睿珍愛慕已久，吳氏想替道知作媒，讓道知對睿珍死心。在得知睿珍與許浚過從甚密後，道知故意陷害許浚，要其做回挑水工作。此事被多喜看見，多喜心裡很難受。一次偶然的機會，許浚遇到了性情怪異的名醫安光翼，受到其指點，許浚對藥物有了更深一層的認識。
道知的刻意打壓、陷害使許浚在徬徨和絕望中，決定找安光翼拜師學藝。光翼終被許浚的堅持所打動，收其為徒。許浚一邊在柳家做挑水工作一邊在安光翼處潛心學習醫術。跟義泰出診時，許浚看到義泰用咀親自為病人吸取膿水，讓許浚佩服不已。吳氏分別替道知及睿珍作媒，讓他們分開。睿珍不想自己的婚事受人擺佈，決定離開山陰。光翼認為許浚已學會醫學的基礎，趕走許浚。縣監大人的親家病逝，許浚想將屍首交給光翼解剖。
（13-18集）
但挖墳時被人發現，許浚逃往光翼處，發現光翼已離開住處，光翼將所有的醫書都留給許浚。許浚潛心學習光翼所留下的醫書。另一方面，多喜懷上了身孕。某夜，一船夫帶著上吊自殺的女兒到許浚家求醫，被許浚所救活。船夫將此消息傳開，引來許多村民到許浚家求醫。行醫的事被柳家發現生，許浚被雜工們痛打了一頓。睿珍跟隨義泰回到山陰，義泰要求許浚將看診的處方拿給他看。
許浚經過義泰在醫術上考察,得到了賞識，被提升為藥倉管理員。在許浚被提升為藥倉管理員的同時，多喜在家裡生下了兒子謙兒。柳家上下都反對許浚掌管藥倉，特別是認為許浚取代了他位置的山浦。聽說柳家有祖傳的醫學秘籍，山浦用刀要挾義泰交出秘籍，許浚及時趕到收服山浦。義泰將山浦放走，並向許浚表明提升他的職位是因為他懂得憐憫和同情病患的心。由於全國各地鬧災荒，許浚家的生活也變得困難。多喜將以前所穿的衣服拿去市集買，被懷疑衣服是在進士家偷的。許浚趕去迎救妻子卻一起遭到毒打。
三積將麻風病人帶到柳家醫治，道知與吳氏對此非常不滿。經過妻子被打的事件後，許浚有了放棄學醫的念頭。此時，義泰派許浚和睿珍出診，為右相夫人治病。許浚的醫術受到右相大人的懷疑。右相大人認為其夫人的病情加重，是因為許浚施以針灸的緣故。右相大人將許浚囚禁，並派人到柳家找義泰。由於義泰和三積一同出遠門，所以右相大人的手下把道知和吾根一併抓走了。
其它的大夫都對夫人的病無能為力，右相大人想叫回許浚為夫人治病，但許浚早已失去了踪影。由於聽到許浚治不好右相夫人的病的消息，許母病倒在床。原來許浚逃走是為了幫夫人準備湯藥。經過許浚的再次施針，右相夫人的病漸得好轉。道知被帶到右相府，看到右相大人對許浚的賞識，心裡對許浚的忌妒也進一步的加深。為脫離卑賤的身份，讓家人過上好日子，許浚接受了右相大人的謝意，收下了右相大人推薦信，準備到漢陽考取科舉。
許浚醫治好了都提調右相夫人貞敬的中風病。令右相大人夫婦感激萬分，送了許多財物，還寫了一封參加內醫院醫科考試的介紹信給他。許浚讓睿珍幫他整理醫書準備參加醫科考試。豈料被義泰發現，更認為許浚私自收下財物和介紹信，是背叛了自己。因此，將許浚趕出醫院。許浚認為自己被義泰拋棄，決定向義泰討回被其燒毀的介紹信。
（19-24集）
許浚為了討回參加醫科試的介紹信，決定去昌寧找右相成大人。結果成大人受令去了中國。許浚沒有找到成大人，開始自暴自棄，整天喝得爛醉如泥。一書妻子終於有身孕，想去找大夫看看是男孩還是女孩，結果找到曾被趕出醫院的山浦大夫。一書叫山浦找許浚合作開醫館，許浚沒答應，繼續沉醉酒裡。直到自己在街上看見母親和多喜在賣草藥，內疚不已，決定去找山浦。
義泰將許浚趕出醫院後，許浚放棄了要成為士大夫的心願。山浦將許浚帶到一戶有錢人家那裡，為懷孕的媳婦診脈。山浦為了騙取錢財，謊稱媳婦懷的是女孩，結果與許浚一同被捕。右相大人之子到柳家醫院找許浚，得知許浚被趕出醫院，拒絕讓道知到右相府出診的同時，失望地離開了山陰。道知日夜苦讀，準備參加科舉考試。得到義泰的求情，許浚得到了赦免。許浚決定到礦山工作，期間遇上了礦坑崩塌，多喜前往礦山看到許浚救助傷者的情形，便勸說許浚重回義泰門下。
許浚懇求義泰讓自己重回他的門下，睿珍則請求三積收留許浚。受到睿珍的勸說，許浚決定到三積寺照料麻風病人。另一方面，睿珍對許浚思念成病，道知則時刻陪伴左右。許浚到三積寺途中遇到麻風病人的襲擊，幸得三積及時制止。許浚在三積寺重遇光翼，並遇到三積的養子尚華。光翼向許浚透露，三積曾在內醫院工作，因為治好了東宮太子的病，受到禮壽的重用並對他寄予厚望，而且家庭生活美滿。可惜好景不長，一天，兩個麻風病人抓走了三積的親生兒子尚華。
三積四處尋找失踪的兒子，發現兒子被一對患有麻風病的夫婦殺害，三積在盛怒之下將其一家三口殺死。在回家的路上，三積遇見逃過一劫的麻風病夫婦的兒子，將他收為養子，並取名為尚華。三積的妻子受不了喪子之痛，上吊自盡。三積也無心留在內醫院，落髮為僧，集合流浪的麻風病人在三積寺生活,並研究醫治他們。受到三積的影響，光翼也步他的後塵，離開了內醫院。睿珍病癒後前往三積寺，途中遇上偷走的尚華和麻風少女秀延。
許浚下山買藥材，期間醫治了受傷的吏房大人。偷走的尚華和秀延在市集受到人們的襲擊，得到吏房大人的解圍，許浚把尚華兩人帶回了三積寺。三積下山找不到尚華，卻把一家麻風病患者帶寺內。為了研製出治療麻風病的處方，三積親身試驗用毒草、毒藥製成的藥丸。服下藥丸的三積後失去了意識，許浚將三積事先寫好的遺書交給尚華。三積終於清醒過來，尚華為自己以往的過錯向三積道歉。三積勸說許浚參加科舉考試，進宮學習醫術。
（25-30集）
道知去漢陽參加內醫院的科舉考試，許浚也想去參加科舉考試，當多喜拿出盤錢給許浚上路時，許浚才知道多喜為了自己，忍受著恥辱到義泰家做幫工。許浚在前往漢陽途中，恰好與道知同住鎮川柳樹村的一家客棧，道知看見許浚也去參加科舉考試，心裡很不高興。當晚，有病人家屬前來客棧找大夫，可是，大夫們都以要趕路參加科舉考試為由，不去幫病人治病。許浚卻伸出了援助之手，去柳樹村幫病人治病。當許浚治好病人正準備離開柳樹村時，門口前來找許浚看病的人卻排成長隊，許浚不忍心視病人而不顧，又留下幫病人看病。
許浚還沒有幫屋裡的病人看完病，屋外又來了從四面八方趕來看病的村民，許浚又只好再留下來幫這些村民看病。材民對於許浚的行為感激不已，都把家裡最好的東西拿來報答許浚。有位叫阿石的村民還跟許浚說，他認識有條路，去漢陽可節省二十公里的路程，結果阿石卻把許浚帶到自己的家中，為自己身患重病的母親治病。許浚看到阿石母親的病情緊急，竟咬破自己的指頭用血把昏迷的阿石母親救醒。
阿石為了答謝許浚救母親的恩情，說去借一匹馬給許浚上路。原來阿石不是去借馬，而是去偷馬，結果連許浚也一起被關進牢房。村民聽到許浚被關進牢房的事都很傷心，聚集向鎮川縣監替許浚求情。縣監了解情況後，寫了一封介紹信和送了一匹馬給許浚，叫許浚趕往漢陽參加考試。可是，許浚中竟因為太累而在路上睡了一覺,趕到漢陽時，已經停止領取試卷。道知順利考取了內醫院，回到山陰向義泰和柳夫人告喜。
柳家罷設宴席慶祝道知考取了內醫院，山陰縣監大人前來致賀。宴席上，山陰縣監接到鎮川縣監捎來的一封信。原來，許浚因為在鎮川柳樹村幫助病人治病，而耽誤了前往漢陽參加科舉考試，鎮川縣監特此推崇許浚為俠義之士。義泰知道許浚是因為救助病人，而沒有參加科舉考試，感到很欣慰。義泰認為道知根本不具備做內醫院大夫的品性，叫道知放棄內醫院留在病舍，道知不顧義泰的阻止，與柳夫人一起前往漢陽。
許浚受令到衙門去幫縣監大人治病，卻遇見同時是受令幫縣監大人治病的義泰，義泰讓許浚留下為縣監大人治病。義泰決定讓許浚回到醫院，再次收下許浚為門徒。長鐵知道後，內心對許浚產生了嫉妒，於是在離開醫院前拿走了所有的病歷。義泰讓許浚把所有病歷重做，負責醫治病舍的所有病人。道知進宮為期六個月的醫術修煉，當天，御醫們已經退朝，恰逢皇子病危緊急，只好由道知去為皇子治病。石的母親吃了許浚的藥後，雙目失明。
（31-36集）
道知治好了皇子的病，令皇上大喜，因此，下了賜酒給醫官。醫官領功後，叫道知不要說出治好皇子的真相，不要自領功名。石背著母親衝到醫院，持刀趕走其它求診的病人，威脅許浚他母親的病還沒治好前，不可幫任何人看診。而其它病人看到這個情況後，以不喝湯藥的方法向石示威。一書得知此事後，設法將阿石引開，穩定其它病人的情緒。而許浚在義泰的幫助下，終於治好了石母的眼睛。
睿珍將許浚治好了病人眼疾的事告訴義泰之際，發現義泰吐血。三積為義泰診脈，知道他患了胃癌，命不久已。義泰吩咐三積和睿珍不能讓許浚知道自己患病。許浚因違背了義泰醫治眼疾的方法而內疚，多喜不斷從旁開解。義泰讓許浚在書房熟讀醫書，準備測試他的學問。義泰要許浚體驗患了胃癌的人的痛苦。看著胃癌病人死去卻束手無策，許浚感到非常痛苦。頭寺村發生了瘟疫，奪取了許多村民的性命，縣監命令立即封鎖頭寺村。義泰和三積到頭寺村為村民治病，義泰交代睿珍不要讓許浚去頭寺村。
許浚不聽睿珍勸告，來到頭寺村。義泰不斷替村民治病，由於過度勞累，導致胃癌惡化而暈倒在地。許浚終於說服義泰讓他留下醫治病患。經過義泰等人的努力，頭寺村的疫情得到了控制。道知成為宮醫，獲得從八品的奉事職處。柳家的下人漢尚從山陰回來，由於山陰出現疫病，無法將信件傳遞到義泰及睿珍手上，讓道知非常失望。許浚知道了義泰的病情后，努力研究治療胃癌的藥方，並四處採集藥材。義泰告知睿珍，他最後的心願是希望她回到道知的身邊。
許浚為醫治義泰的病，和永達、達明一起上山尋找山參，結果珍貴藥材被採藥夫搶走。睿珍離開山陰去漢陽找道知，柳夫人知道後，派人暗中跟著。睿珍幸得士大夫李政民的幫助，打聽到了道知的住所。可是，當她找到道知時，正好是道知和淑貞的大喜日子。義泰知道自己的病是不治之症後，就將柳氏膏藥的製作藥方交給吾根和採藥夫們，並交待許浚、三積大師在下月初七午時前往密陽天皇山找他。
義泰在五山寺村工匠家訂造了五、六把刀子，帶到了密陽天皇山自殺。義泰為了能讓許浚在醫術有更深的了解，寫下了一封遺書吩咐他將自己的屍體進行解剖，以了解人體內所有器官的構造及機能，探討萬病的根源。許浚看到義泰的遺書後痛苦萬分，在大師的鼓勵下，解剖了義泰的屍體。許浚前往漢陽找道知母子，告知義泰去世的消息。道知聽到父親去世消息後悲痛不已。在吾根和大師的支持下，許浚接管了義泰的醫院。
（37-42集）
義泰死後，吳氏將柳家的醫院賣給張大夫。許浚無心在山陰行醫，專心準備科舉考試。道知為懷有身孕的恭嬪娘娘熬製湯藥，禮壽因湯藥配方會引起中毒而阻止恭嬪服用。道知被調到湯藥房工作。許浚因受不了張大夫做事專橫且勢利的處事，召集了柳家的雜工另開醫院吸引所有病人前往求診。張大夫向許浚道歉並懇求許浚讓病人到他的醫院看病。科舉的日期得以確定，吾根與許浚一起到漢陽赴考。吾根在漢陽找道知，想從他那裡獲得考試的情報，但遭到道知的拒絕。
吾根雖在許浚的幫助下通過了第一輪的考試，但卻在第二輪的考試中落榜，而許浚則憑著自己的實力考得狀元。道知以免禮壽勾起與義泰比試的回憶，讓自己受到牽連。勸說許浚，在見到禮壽時不要說他的師父是義泰。許浚不聽道知的話，如實告知禮壽。許浚回到山陰，將家人一同帶到漢陽生活。道知找岳父副提調大人為自己求情，使自己調回恭嬪的處所工作。多喜在漢陽四處找尋工作，因過度勞累而流產。去內醫院的第一天，許浚因照顧流產的多喜而遲到。
許浚因為遲到，受到都提高大人的責備。道知負責教導醫生們學習宮廷的法規及禮儀。許浚被道知處罰,並連累其它醫生，許浚因此受到眾人的責備。許浚想推遲一天當值，回家照顧多喜，但得不到道知的允許。許浚得到了和他同榜錄取的醫生李命源的幫助，替他醫治多喜。睿珍得到吏曹佐郎李政明大人的推薦，進入惠民署擔任醫女。因照顧恭嬪及負責教導醫生有功，道知被提升為從七品官，掌管藥倉和湯藥房。
道知命令成為宮裡種藥署員的吾根，將擺放在宮裡很久的藥材拿到惠民署。惠民署的金萬慶因此事將道知痛罵了一頓。許浚到惠民署幫助金萬慶為病人治病。一書以逃避賭債為由，騙取妻女一起來到漢陽投靠許浚。金判官和宋主簿為鞏固地位，命令許浚等人到各位官員的處所送補藥。許浚不明白金判官和宋主簿的用意，卻把補藥拿了回來。
許浚在捕盜廳重遇睿珍。在吾根的安排下，許浚與睿珍在宮中再次看見。雖然鄭判官極力推薦許浚，但禮壽仍放不下與義泰之間的事情，也害怕許浚的出色，將來會取代他的地位，再加上金判官、宋主簿及道知等人對許浚的排斥，許浚與張學道一同被任命到惠民署工作。學道不服禮壽的任命，將金判官和宋主簿私吞皇室藥材的事情，向禮壽告發。一書在吾根的幫助下在漢陽開起了藥材商店。
（43-48集）
金判官和宋主簿因私吞皇室藥材的事情，被降職到惠民署。惠民署的藥倉出現了失竊藥材的事情，睿珍和彩仙被抓往捕盜廳。許浚查出失竊的原因，解救了睿珍和彩仙。道知到惠民署拜見金判官時遇見睿珍。許浚冒著被處罰的危險，私下為在等候已久的病人看診。因不滿惠民署下吏們私下收取病人的錢財，許浚和眾醫官親自為病人發放號牌和熬製湯藥。
由於大夫人手不足，為了幫助在惠民署得不到治療的病人，許浚在宮廷外給病人施針、開具藥方。胥吏和都藥使令為了報復，將許浚在宮廷外給病人看病的事，以許浚謀取私利的罪名，向主薄大人和判官大人告狀，致使許浚受到朗讀《御筆匾額》一千次的處分。許浚憑著義泰教誨的意志，完成了朗讀《御筆匾額》一千次。許浚從此嚴格自己遵守內醫院的規章制度。恭嬪娘娘突然出現臨產跡象，道知不知所措，焦急萬分。
恭嬪娘娘在道知和紅春的協助下，順利產下一王子。皇上大喜，下賜［宣醞］、並頒發［主簿］的品階給道知。許浚為了幫助得了膿痂疹的胥吏治病，親自上山採取松津和杜仲。在許浚的精心照料下，胥吏的病情慢慢好轉，許浚卻被感染上膿痂疹。睿珍被派去參加士大夫筵席，遭到士大夫的騷擾，幸被政民解圍，得以解脫。
在許浚值班當天，都藥使令老薄在湯藥房上吊自盡。政民去找弘文館校理大人泰勳，不料泰勳卻突然昏倒。政民叫來內醫院大夫幫泰勳治療，但還沒有施針，泰勳就猝死。許浚對泰勳的死覺得有可疑，在了解泰勳死亡的原因時，知道泰勳患有消渴症，而每天喝的湯藥一直由已經上吊自盡的都藥使令老薄所煎熬。在都藥使令老薄的遺物裡，卻發現了一種名叫“斑貓”的毒藥。
浚把發現“斑貓”的事告訴政民，說泰勳不是因為患有宿疾猝死，而是有人以治療泰勳為名，在泰勳的湯藥裡加了毒藥，下毒藥的人就是已經死亡的都藥使令老薄，而泰勳和都藥使令老薄的死，又都是有人在搞鬼。許浚和政民對“斑貓”毒藥的來源進行調查，結果查出，“斑貓”是由尹判官受人主使所購買。
政明遭誣衊判亂之罪被處死前，託人將一封信交給睿珍表明愛意。並告知許浚，睿珍對其早已暗有情愫，使他恍然大悟。許母、多喜到張大夫處為良太提親，誰知受拒絕外更被出言侮辱。右相成大人被調任為都提調大人，道知向其行禮時提及禮壽和許浚的事，自討了尷尬。道知被指派負責診治恭嬪弟弟金禮直的“口眼歪斜”症。同時間許浚亦在惠民署診治同樣病症。道知為能引人注意提高聲望，故將治愈時間說長為七天。都提調到惠民署巡視時，重遇許浚時剛巧見到他正在醫治“口眼歪斜”症，聽到治愈時間只需三天后，心中對禮壽和道知都起懷疑。禮植的病復發，成大人向醫官確認禮植提早治癒的事，得知這是禮壽和道知想提高聲望的做法。許浚在惠民署治好了患有口眼歪斜症的患者，成大人看過許浚在惠民署寫的病歷簿後，知道是禮壽誇大禮植的病情，感到非常生氣。成大人命許浚進宮治療禮植的病，許浚在看診過程中不斷受到禮壽和道知的阻撓。睿珍起用許浚寫的處方，令道知感到不快。道知命醫女世希拿酒到值班室，兩人酒醉後發生關係。許浚治療禮植期間，禮植多番不服從。許浚送上湯藥時，禮植將其刺傷，此事被前來探望的恭嬪看見。
許浚為禮植送上湯藥，卻被其刺傷。許浚診斷出禮植有胃癌的徵兆，而道知與禮壽只顧著治療禮植的口眼歪斜症，並沒有察覺此事。道知和禮壽為免受罰，勸說許浚將此事隱瞞，但都遭到了許浚的拒絕。看著淑貞為道知生下了女兒，多喜對流產的事仍耿耿於懷。許浚向皇上禀報了禮植患有胃癌的事情，並承諾在五天內將禮植的病治好。
浚向皇上承諾五天內治好禮植的胃癌，否則會受到斬掉雙手的懲罰。禮植出現吐血現象，眾人認為是病情惡化，但許浚卻解釋說是病情好轉的跡象。當各人為許浚擔心不己時，五天的期限已到，許浚被抓往內醫院受罰。鄭判官及惠民署眾醫官為許浚求情，睿珍甚至激動得暈倒過去。禮壽正想對許浚進行處罰，卻傳來了禮植痊癒的消息。皇上為了獎賞許浚及幫助治療禮植的人，賜予了賜饌。
許浚治好了禮植的病，皇上和恭嬪娘娘高興萬分，分別下賜［賜饌］和一幢房子。恭嬪娘娘召見許浚家屬，並希望許浚任醫官，照顧兩位皇子的玉體，在許浚的懇求下，恭嬪娘娘收回成命。光翼將尚華和秀延送到漢陽，叫許浚收尚華和秀延為都藥使令和醫女。御醫大人為勉勵許浚在任惠民署醫官期間的功勞，破格提升許浚為正七品的[直長]職位。道知因為與醫女私通款曲，而被派跟隨使節團前往中國的別遣大夫。
（55-60集）
對於道知被調往中國任別遣大夫一職，柳夫人和道知都認為是許浚個人所為，對許浚非常不滿。許浚帶著忌酒前往道知家拜祭義泰，卻發現多喜在道知家做傭工，而且遭到柳夫人的打罵。柳夫人因為道知被降為別遣大夫而臥病不起，病情緊急，許浚為了報答義泰的教導之恩，決定前往道知家為柳夫人治病。
吳氏因為道知要被派遣到中國而過於悲傷，得了血崩病。睿珍到柳家探望吳氏時遇見許浚，許浚將吳氏拒絕他醫治之事告知睿珍，睿珍請紅春幫忙照顧吳氏。淑貞由於日夜守在吳氏身邊，勞累過度病倒了。許浚說服吳氏，讓他為吳氏治病。經過許浚和多喜悉心的照料，吳氏的病很快得已痊癒。吳氏親自來到許家送禮致謝，多喜拒絕收取吳氏的禮物。中國的使節團將到訪漢陽，內醫院準備挑選醫女服侍來使。
小賢和睿珍被挑選去服侍中國的使節。睿珍不願意如藝妓般服侍來使，留下寫給許浚的遺書後自殺。睿珍因搶救及時得已活命，而宮女卻將睿珍的遺書交給尚宮，尚宮以此要挾睿珍就範。服侍來使當夜，睿珍用酸棗仁治好了來使的腹痛，得到皇上的嘉獎。皇上在狩獵時不慎墮馬，許浚為皇上醫治時重遇當年追捕他的裴天壽。天壽到惠民署找萬慶敘舊，認出了許浚。
天壽將許浚當年所犯的罪行告知萬慶，萬慶不相信此事，但從許浚口中得到證實。天壽命人暗中調查許浚的身世及家屬的情況，令許家上下憂慮不安。黃海道一帶的瘟疫正迅速蔓延各地，許浚被派往疫區。萬慶要天壽隱瞞許浚的罪行，天壽卻執意趕往黃海道尋找許浚。由於疫病猖獗，需要惠民署選派醫女增援，睿珍、彩仙等人被選中前往疫區。
一路追捕許浚的捕盜廳裴天壽在黃海道與許浚相遇，許浚坦言自己就是在平安道龍泉從事走私並與兩班貴族的女兒深夜私奔的人。許浚向裴天壽請求，等到自己找到治愈怪疾的辦法再捉他。怪疾擴散速度很快，許浚回想起山陰地區發生怪疾時，催促自己逃離的義泰，還有當時發誓冒死也要救百姓的自己，不免慚愧。許浚終於想出藥方，百姓們服用後，脖子上的浮腫開始降下去，病情有了好轉。這個消息也傳到了禮壽的耳中。
（61-66集）
道知擔任別監醫師時，從太恩那裡得知母親病危的消息卻沒有前往醫治。後來他得知許浚醫好了母親的病，要給許浚送謝禮，但遭到許浚的婉拒。許浚告訴萬景自己曾經參與走私、並與兩班貴族的女兒結婚的事情。在捕盜廳，許浚將自己以往的罪過一一交代，並稱自己為了彌補過失，會盡心為百姓治療，這話讓天壽左右為難。事態擴大，許浚被捕入獄。正當許浚在獄中萬念俱灰之時，看見多喜也被士兵捉進監獄。
萬景責備天壽捉許浚的事，天壽解釋說因為內醫院提督禮判大人的命令，自己也是迫於無奈。恭嬪得知許浚被捕入獄的消息，求宣祖看在許浚為百姓治療怪疾、為王子們醫治病患的份上赦免許浚。宣祖認為許浚功大於過，下令赦免。但眾大臣紛紛上書問罪許浚，宣祖迫於壓力只好同意捕盜廳將許浚押送到義禁府。恭嬪懇請宣祖饒恕許浚。仁嬪認為恭嬪是出於私人感情為許浚求情，干涉政務，發誓決不會輕饒恭嬪。
恭嬪患心痛病，負責治療的禮壽無計可施，宣祖急命臣子將獄中的許浚宣進宮中。許浚用義泰曾經教給自己的針灸法醫治，恭嬪終於脫離危險。許浚說心痛病是可致命的重病，不可有一絲馬虎，宣祖將醫治恭嬪的任務交給許浚。朝廷眾臣卻以許浚是犯人為由，向宣祖上訴不可讓許浚承擔王室的醫療。因為許浚治癒了恭嬪的病，宣祖有意赦免許浚，但擔心眾大臣又提出反對意見，所以擅自下達赦免許浚的御令，並宣告說若是有人不從，將被認為是對大王不忠。紅春患了一種怪病，這種病只有與男人結婚才能治愈，周邊的人紛紛勸紅春與吾根結婚。
為了治愈恭嬪的病，小賢來到藥材庫，發現那裡除了給仁嬪準備的藥材，其它都是次等品。小賢請道知從仁嬪的藥材中減一些給恭嬪熬製湯藥，卻遭拒絕。其它尚宮得知此事，紛紛嘲笑小賢。而尚宮毆打小賢的情形正好被恭嬪和許浚碰見。仁嬪以懷孕反應激烈為由，拒絕接見恭嬪，甚至都不出門看一眼。此時恭嬪才嚐到失去宣祖寵愛的滋味，對以前自己深受宣祖寵幸時中宮殿的心情有所理解。恭嬪終於明白捨棄無味的慾望，心情會開心很多的道理，並將王子託付給許浚。另一方面，紅春與吾根成婚，結束了醫女生涯。
由道知負責診療的仁嬪之子信成君的腫瘤越來越嚴重，已經擴散到了脖子部位。道知擔心自己治不好，因此，道知向禮壽提議應該將信成君交給許浚治療。許浚和學徒一起查看信成君的患處，學徒擔心這樣會陷入道知的陰謀當中，便勸許浚不要接這一任務。許浚卻固執己見，要親自醫治信成君。剛開始，許浚用手幫信成君擠膿時發現發膿的部位很深，決定用水蛭吸膿。許浚在信成君的每個患處都放了水蛭，信成君昏倒。仁嬪見到這一情形，大聲喝斥許浚立即將水蛭拿開。許浚說只有這個辦法才能醫治好信成君得病，並堅持用水蛭吸膿，這讓仁嬪憤怒不已。
（67-70集）
許浚治好信成君身體裡的膿瘡，宣祖將許浚的官職提升到正三品堂上官，道知心中因此耿耿於懷。此時倭寇侵犯，釜山淪陷，朝廷大臣們為是否要逃難發生爭執。有大臣以宣祖病重，而國中不能沒有大王為由，提議將光海君冊封為世子。仁嬪對此一口拒絕，大臣們威脅說宣祖大王也許可以躲過戰亂，但世子卻很難擺脫戰亂的所帶來得影響，因此應將活命放在第一位。大臣們勸仁嬪說世子是趁戰亂匆忙冊封的，根本就沒有時間經過大明國的同意，因此應該退讓一步為以後著想。朝廷終於決定丟下京城避難，許浚主張應該將宮中的珍貴醫書和疾病備忘錄也帶走。因為是避難，朝中沒有一個人願意將沉重的醫書帶出宮外…
浚在回家的路上被憤怒的百姓攔截。百姓將對不顧國家安危的大王和貴族們的憤怒，發洩在許浚身上。萬景大聲指責百姓，認不出一心一意為大家治病的許浚。此時，謙兒則趕往宮中尋找父親，路上獲悉宮中上下因為避難而逃到漢陽的消息，只好回家。謙兒對不顧家庭的父親充滿怨恨。等許浚趕到家中時，家人已經全都逃離，房間裡卻擺著冒著熱氣的飯菜。許浚在飯桌旁邊發現了多喜留下的一張紙條，上面寫著已經得知許浚已經跟隨御駕逃離的消息，勸許浚不必為家人擔憂，希望日後一家人能團聚。宣祖、仁嬪、光海君等人在天壽和其它官員的護衛下乘船逃離，百姓們看見這一情形個個都充滿埋怨和憤怒。等到大王和大臣們的船渡過了河，天壽以擔心倭寇也會渡江為由，將船隻全部燒毀。岸邊的百姓對此憤怒不已，一時之間，憤怒和恐懼籠罩全城…
謙兒和多喜經歷千辛萬苦來平壤城尋找許浚，被柳道知看見。柳道知告訴多喜，許浚自從背著內醫院的醫書，跟御駕離去後一直沒有消息。多喜和謙兒回去之後，許浚一行背著醫書來到平壤，楊禮壽對許浚說沒有人會理解他的執著。仁嬪等人指責許浚，將醫書看得比大王的龍體還重要，並說許浚是因為害怕所以才逃跑的。只有光海君對許浚的生還表示慶幸，並勸許浚趕緊去打聽家人的下落。許浚找尋家人來到城外難民區，發現了正在吃手抓飯的衣衫襤褸的多喜和孫氏。謙兒露出埋怨的表情、躲避父親許浚，多喜和孫氏對此大感驚訝，而許浚的心裡也是很不好受。謙兒指責說，家里人在最艱苦的時候也是為父親擔憂，父親卻沒有將家人的安危放在心裡，只想著醫術，一次都沒有想過母親和奶奶所受的苦難。
信成君發高燒病倒，宣祖大王責問柳道知當時拍案保證信成君可以平安到達義州之事。宣祖表示信成君若是出現什么不測，他決不會放過道知。儘管道知百般努力，信成君還是未能逃過死亡，仁嬪和宣祖悲痛萬分，道知被捕入獄。宣祖病危，光海君命許浚速去義州查看宣祖的病情。許浚對謙兒充滿歉意，自責自己未能盡到為父的義務。許浚來到義州，發現宣祖的病情嚴重惡化，而且用於湯藥的藥材也時所剩無幾。睿珍得知這一事情，想出了應急措施，立即趕往木炭窯精煉木草液。宣祖的病情稍微有了些轉機，許浚以自己在來義州的路上被倭寇傷到右手為由，提出建議讓柳道知為宣祖做針療。因為許浚，柳道知得以離開監獄，幫宣祖診脈。
祖的病勢有了好轉，許浚得到宣祖讚賞，許浚卻將功勞推給道知的針療。宣祖欲以信成君之死問罪道知，因為許浚在旁再三懇求，決定不再追究道知的責任。從宣祖的殿中出來後，道知向許浚下跪言謝，請求他原諒自己以往所犯下的過錯。許浚稱因為自己的原因，道知和父親才會斷絕父子關係，而且自己還阻礙了道知的仕途。許浚扶起道知，並提議兩人都忘掉以往的一切，重新成為好朋友。吾根和睿珍為兩人的重歸於好而喜出望外。有了李舜臣、權栗和各地的義兵運動，叛亂終於被壓，許浚更加專心於醫書的編撰。戰亂後遺症慢慢得到解決，宣祖大王獎賞再戰亂中立下功勞的大臣。許浚被封為屬於政丞官品的正一品保國崇祿大夫。反對派想通過撤掉對許浚的獎賞徹底顛覆這次的封賞，開始調查許浚的過去。
（71-75集）
宣祖大王問睿珍是不是真的和許浚互相愛慕十幾年。睿珍含淚稱自己從心底里尊敬和戀慕許浚，但從未將此事告知他人，將來也不會洩漏此事。宣祖大王被睿珍的真情打動，不顧大臣們的上訴，將許浚任命為正一品保國崇祿大夫。宣祖39年，中宮殿仁穆王后產下醫子，宣祖和部分大臣大喜。世子光海君和世子嬪以及其親信大臣們卻露出了失望的表情。道知向許浚告誡，王后產下王子後，后宮所生的光海君將難保世子之位，朝廷大臣也會在王位繼承人選的問題上出現分歧，因此若是不明確自己的立場，會成為政治鬥爭的犧牲品。許浚卻覺得，身為醫官應該盡職盡責，不應管政治等其它東西，這讓道知鬱悶不已。此時，財政出現危機，朝廷中斷提供醫書編撰所需的資金。許浚同時接到永昌大君中風、光海君犯頭痛病的消息，為究竟要先去醫治誰的病而猶豫。
許浚為了醫好光海君所患的瘧疾，命人用砒霜、食鹽和雨水製一種叫辛石水母的湯藥。許浚將藥端到光海君處，明杰用銀製品沾取藥水，銀製品馬上變成了黑色。光海君和世子嬪大驚失色，許浚解釋說只要處方得當，毒藥也可以變成良藥。許浚懇請光海君服用湯藥，光海君經過一番思想鬥爭，不顧旁人反對喝下了湯藥。眾醫官威脅說若是光海君身體出現不適，熬製湯藥的吾根也將難逃干係，這讓吾根焦慮萬分。光海君一方認為許浚已與永昌大君勾結，不少人都主張懲治許浚。光海君的病況看起來越來越嚴重，每個人手裡都捏著一把汗。屬於光海君的對立方的孔良和成弼見許浚給光海君開了放由砒霜的藥方，暗暗密謀用增加湯藥的砒霜量的方法殺害世子光海君，並將責任推給許浚。當道知將加入多量砒霜的湯藥端到光海君處事，光海君正好從昏迷狀態中醒來。許浚十分感激光海君對自己的信任，並考慮到光海君的身體虛弱，改用補氣滋陽的湯藥。大王的病情加重，已經很難治愈，朝廷大臣們卻只顧議論光海君和永昌大君的王位繼承問題。
祖病勢加重，永昌大君的近臣成弼等人懇請大王廢后宮所生的世子，讓大君繼承王位。宣祖認為讓剛滿三歲的永昌大君繼承王位會引起朝廷騷動，因此決定讓光海君繼承王位。成弼和孔良等人試圖堵住大殿內醫女和御醫兩人的嘴，阻止光海君登上王位。兩人威脅許浚，稱大王逝世的話，其主管御醫都很難擺脫干係，因此只要許浚裝做什么都不知道，永昌大君就肯定不會忘了他的功勞。許浚稱這樣搞陰謀會壞了宗廟社稷，拒絕與他們同流合污。這時宣祖大王逝世，未留下遺詔。許浚因未能醫好大王的病，被流放到南方。
浚被流放到南方，禁止他跟外人接觸，並不得以任何理由離開流放地。一名男子來找許浚，稱早已知道許浚曾經是御醫，請求他救救生病的母親。許浚以自己是被流放的罪人為由拒絕行醫，但最終還是未能對病人不管不顧。病人痊癒，村子裡的人獲知這一消息後，紛紛來找許浚看病。許浚一再拒絕為人看病，但百姓們再三懇求，並稱決不會向外部洩露這一事情。這時官衙的士兵突然來到。因為士兵頭目的夫人也是有病在身，再加上百姓們得懇求，許浚得到默允為病人治病。另一方面，道知將醫書和內醫院的研究資料寄給許浚，命他繼續撰寫醫書。許浚終於完成醫書的撰寫，將此書命名為《東醫寶鑑》。光海君見許浚在流放地撰寫醫書，完成醫書體系，赦免了他，並希望許浚重回漢陽。許浚不顧大王的挽回，回到故鄉承繼師父柳義泰的藥房，從事單純的醫療和著述工作。村里開始流行怪疾，許浚不顧自身安危救治病人，不幸染上怪疾。許浚將藥材全部讓給其它病人，耽誤了自己的病情，在救人時不幸病逝。睿珍站在許浚的墳前流下傷心的淚。
