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一封信把team medical dragon的成員重又聚在了一起，朝田龍太郎放棄了美國從醫的機會返回日本，藤吉圭介也從福岡返回東京，再加上伊集院登，荒瀨門次，裡原美紀，他們重又聚在了一起。同時，野口賢雄做為安全監管也返回醫院，他想利用朝田等人贏取最大的利益。
這天，朝田救治了一名本已放棄搶救的車禍傷者，傷者名叫片岡一美，她聲稱自己是醫療雜誌的記者，願意為朝田等人宣傳，野口非常高興，朝田不置可否。藤吉向朝田介紹了一名病例，朝田決定為她做Batista手術，並且為她接生得來不易的孩子。同時，野口又要求朝田做DOR公開手術，以此提高醫院知名度。朝田同時接下了3個大手術，在情況發生意外變化下，朝田果斷地做出了改變。結果，DOR公開手術在朝田、霧島軍司的配合下順利完成，Batista手術在伊集院的主刀下也完成了，而救治初生嬰兒的手術也在朝田出神入化的醫術下完成。但是朝田等人隱隱感覺有人正在背後操控他們……


分集劇情：
在難民營中指揮著來自全球傑出醫生組成的醫療隊的天才外科醫生朝天龍太郎，被邀請回到了大學醫院，和以教授為首的醫療當局主張的權威主義做鬥爭，一面不忘救死扶傷，完成了日本首例Batista手術的醫龍小組成員們，此次迎來了新的挑戰。
近年來日本醫療費用不斷膨脹，政府訂製了各種各樣的法規，於是越來越多的醫生離開醫院成立自己的私人診所。與此同時各大醫院的合併也在不斷進行。

由於醫生不足許多婦產科和兒科不得不相繼關閉，這直接和醫院的經營方針密切有關。也就是說醫院其實已經逐漸普通企業化了。

第一集復活！ ！醫龍小組！ ！

號稱“醫龍”的朝田龍太郎在帶領醫龍小組，完成了日本第一例Batista手術後就解散了小組，回到難民營繼續行醫，沒有了醫龍小組的明真大學附屬醫院病人急速減少。當初爭奪教授之位的加藤晶和霧島軍司也都離開了。伊集院登、裡原美紀和木原毅彥等人雖還留在醫院，卻都因為醫院生意不佳感到了不安。

此時一封來路不明的電郵提出希望明真重組醫龍小組，但龍太郎不在日本，藤吉圭介在地方醫院上班，麻醉師荒瀨門次雖然也留在明真卻毫無霸氣可言，伊集院對重新組隊不太抱希望。

與此同時明真為了重振醫院，從前與醫龍小組為敵的野口賢雄，作為擁有包含教授在內的所有醫局成員生殺大權的部長回來了。於是伊集院越發希望重組醫龍小組了。但野口卻下放了很欣賞伊集院的江上彰教授。

不久片岡一美被緊急送到明真救治，適時出現的龍太郎為她做手術挽救了停止心跳的她。

重組醫龍小組不再只是夢想，藤吉也出現在了興奮的伊集院和眾位成員面前。患者富堅由佳理希望接受心臟手術，但因為她已經懷有7個月身孕所以所有醫院都不肯給她做手術。而她的身體狀況並不允許她懷孕，因此其夫阿剛也拒絕妻子懷孕。藤吉認為這個手術毫無疑問只有龍太郎能做。

這個手術無疑危險係數非常高，所以龍太郎也拒絕了。但被龍太郎救了一命並堅信他有這個實力的片岡，假裝成醫療記者試圖說服龍太郎答應做這個手術。

第二集撿到的患者

成功重組醫龍小組的人，是北洋醫院的老闆片岡一美。

在外資的投資公司擔任重要角色的片岡，融資了陷入經營危機的北洋醫院，掌握住了這家醫院的營業權，並提出和明真大學附屬醫院業務合作，即是說把優秀的醫生送往明真，而北洋則負責接收明真這邊沒錢的患者。這樣是為了打破北洋專門接收有錢病患的陋習。

按照片岡的計劃，希望能在三年後建成心臟移植手術的領頭羊大規模醫院，這和野口賢雄的構想不謀而合，於是兩人一拍即合。

野口把自己的構想告訴了龍太郎，他認為龍太郎的醫龍小組是這個計劃中不可或缺的核心。然而龍太郎相當反感野口這種把醫院收益放在首位的做法，並言明自己在美國學習心臟移植術是為了醫治患者，而回國的目的則是重新組成醫龍小組。野口雖然保證會不遺餘力地協助他，卻也冷然地告之自己的計劃是不容許任何人破壞的。

某天，明真來了一個叫做西澤孝文的老年病患，他的孫子翔太也一起出現。西澤一直聲稱自己心臟不舒服，照看他的護士卻查看了許多次也沒發現問題。翔太憤然指出幾年前西澤曾在明真接受手術。可惜內科醫生卻告之明真已經變成專門醫院，西澤將被送往北洋醫院。

北洋醫院的院長善田秀樹來找野口，兩人因經營理念不同發生口角。

晚上野口召開了記者招待會，並公開了自己的構想，但龍太郎卻沒有出席。

第三集手術失敗了

醫龍小組的三名成員龍太郎、阿登和圭介，不滿野口賢雄對年老患者西澤孝文的處理方式，隨其一起轉到了北洋醫院。小組裡還留在明真大學附屬醫院的成員，就只剩下門次和美紀兩人了。龍太郎告訴北洋醫院的院長善田，自己會組建新的醫療小組。

從以前開始就相當不滿一美和野口策略的善田，在兩人面前聲稱會為了龍太郎改變北洋。可惜這依然無法阻止兩人逐步推行自己的計劃。

這天龍太郎終於為西澤動手術了，西澤的術前評價是在明真進行的，召集參與手術的人員的阿登卻請不動麻醉醫生小高。外山來到手術室表示希望能主刀，於是龍太郎作為外山的第一助手，手術正式開始。

另一方面，藤吉從美紀那裡拿到了西澤在明真的手術記錄備份，發現了野口反對西澤再次接受手術的理由，於是藤吉得知這次的手術很難成功。

打開患者胸腔的龍太朗，對認為是腫瘤的部分進行了切割，沒想到手術後西澤出現了不適的現象，他的體內存留著止血棉紗。結果再次動手術的結果，是被外山損傷了心尖部分，西澤開始大量出血。

第四集殺不死的患者

雖然龍太郎都轉到北洋去工作了，這裡的病患卻並沒有增加。善田向圭介詢問關於醫療小組組建的情況，卻得知人員相當難確定。

龍太郎很看重麻醉醫生小高七海，上次給西澤做手術的時候，小高一直準確無誤地給年輕的麻醉醫生做指導。龍太郎於是想知道她明明擁有很強的能力，卻至今未曾參加過手術的理由。此時小高吃下了巧克力導致食物中毒。

“北洋已經沒有有能力的醫生了”，這樣的傳聞就連女高中生都知道，因為肚子痛被救護車送到北洋來的矢澤真理繪，要求到明真接受治療。

真理繪是患了急性闌尾炎，外山卻指出自己去做這種小手術，是對自己的侮辱，惹得憤怒的龍太郎對他大吼。

當龍太郎正在為真理繪施行手術的時候，鬼頭在明真已經組成了屬於自己的醫療小組“鬼頭小組”，門次也加入了這個小組。

片岡為了給明真添置實施心臟移植的設備，當晚請以前的福利勞動大臣恩田哲三吃飯。於是明真終於得到了這項許可。

北洋這邊，真理繪接受了手術之後恢復得很快，這天朋友美羽來看她，真理繪對為自己執刀的龍太郎贊不絕口，並告訴美羽如果肚子疼就去找龍太郎看看，可惜美羽卻沒能跟龍太郎說上話。

第五集實行！命運的無輸血手術

續方美羽因信任龍太郎住進了北洋醫院，但當得知美羽是議員恩田哲三的女兒後，一美和野口把她轉到了明真大學附屬醫院。最終決定由鬼頭笙子的醫療小組給美羽做手術，卻得知美羽的血型是極罕有的類型，手術的危險性讓野口煩惱不堪。

美羽擅自離開了明真去找龍太郎，在北洋醫院門口昏倒，結果被緊急送進了手術室。

與此同時野口打電話把美羽的情況告訴了其父恩田，並強調美羽的手術除了北洋沒人能做。

此時北洋方面正在緊急為手術做準備，嚴肅的氣氛讓野村博人感到恐慌。圭介拼命尋找和美羽同樣血型的鮮血卻始終找不到，麻醉醫生想起阿登曾為一個有同樣血型的患者執刀過，於是阿登趕緊去登門拜訪這個叫門脅的男子。

但此時情況已經危及到沒辦法等血送到了，龍太郎要求誠二做助手立即開始手術。但由於不能輸血所以整個手術只能持續40分鐘。

雖然龍太郎對自己的技術充滿信心，但卻沒有任何人相信他的話。毫不介意別人的想法，龍太郎以驚人的速度開始進行手術，途中卻發生了重大的事故。

美羽的患處比檢查時擴大了許多，手術根本沒可能在40分鐘內完成。

第六集另一個天才外科醫生

眾人都知道北洋醫院有個天才外科醫生朝田龍太郎，每天慕名而來的患者絡繹不絕，雖然病人增多了，卻也讓龍太郎沒精力去組隊了。

外科醫生外山誠二要挾龍太郎，要求加入這天的心臟手術成為其成員，龍太郎卻以外山還不足以成為一個醫生而拒絕。

阿登從野村博人那裡聽說外山是某大學著名教授的兒子，他的弟弟也在該大學就職，簡言之他們是一個優秀的醫生家庭。野村對外山的現狀並不樂觀，對他的推測阿登也認同。

歸介從龍太郎處得知小高七海依然不肯參與手術，之前那個少女的手術她之所以參加，是被一美說服了。

北洋的所有醫療人員都知道龍太郎在追趕時間，全部前往手術室旁的參觀房間。外山冷眼目送他們的行動時，接到了有救護車緊急送病人過來的通知。

被送來的患者名叫五代明代，其夫昭三要求龍太郎執刀，接電話的人指出龍太郎正在動手術斷然拒絕，外山連忙搶過電話一口答應。

結果明代被送到醫院的時候，是外山迎接並自薦要為其做手術。

龍太郎的手術終於結束，護士把外山正在給病人動手術的消息告訴他，當龍太郎和阿登急急忙忙趕過去的時候，卻看到不停大笑的昭三，和手術飛快結束滿臉得色的外山。

在明大附院，鬼頭笙子小組主持的肝臟移植手術不斷獲得成功，野口賢雄為此志得意滿，並開始為醫院心臟移植獲得認可做準備。

第七集復活！ ！超級醫生

外山誠二也加入了龍太郎的醫療小組，但麻醉醫師小高七海依然興趣缺缺。

此時稱鬆平幸太郎為“超級醫生”的少女高見香奈，和她的母親紀枝來到北洋。鬆平已經幾年沒有拿過手術刀，這兩母子卻對他的技術充滿信心，讓阿登等人甚至龍太郎都感到不可思議。

但隨後藤吉卻調查出，鬆平曾成功施行了母子之間的活體肝移植手術，所以紀枝是來拜託他把自己的肝臟移植給女兒香奈的。

實際上紀枝之前曾在明真接受治療，她因患有食道癌所以肝臟機能低下，如果要作移植手術則風險很大，野口賢雄下令她的主治醫生荒瀨要求她轉院到了北洋。

此時鬆平正在查看紀枝的B超圖片，善田指出手術成功率很低，鬆平卻始終沉默不語，紀枝一直希望由他來給自己動手術，心理負擔不斷增大的鬆平忍不住喝了比平時更多的酒。

最終北洋接受紀枝入院，雖然眾醫生都指出應該盡快做手術，鬆平卻決定給她實行放射和藥物治療，盡量避免動手術。

只有善田明白鬆平避免手術的原因，他在擁有神乎其技醫術的龍太郎面前充滿了自卑。

第八集絕不能原諒的麻醉醫師！ ！

北洋醫院來了一個少年病人，他的父母都希望龍太郎為兒子醫治，這個孩子叫做黑田智樹，其父俊彥是專門處理醫療糾紛案的律師，智樹因麻醉醫師的錯誤患有腦部缺氧症，因此俊彥對跟手術有關的醫生極度敏感。從龍太郎那裡得知此事的藤吉，答應會事前提醒參加手術的醫生們。

俊彥固執地要求龍太郎和藤吉，讓小高七海也參加一起來給智樹動手術，並道出了必須這麼做的原因。

原來小高就是智樹的親生母親，她結婚的時候還是學生，雖然生下了智樹，卻因為作為麻醉科醫師太忙沒時間照顧孩子，就連智樹生日那天，她明明和兒子約好早點回家，卻也因為有緊急手術而失約，當小高回到家時一直等著她的智樹，已經因為哮喘發作被父親俊彥送到了醫院，結果因為那家醫院麻醉醫師的疏忽，智樹患上了腦部缺氧症導致下半身癱瘓。此後俊彥就因此憎恨小高並與之離婚，迎娶了孩子的複健指導老師早苗為妻。

龍太郎開始給智樹動手術了，經俊彥的允許，小高可以在外面的參觀室觀看整個過程。

第九集還剩2個月的命！ ！奇蹟的手術

一個名叫英部美和的女人帶著年僅9歲的兒子雄太，到北洋醫院來找龍太郎。龍太郎告訴醫龍小組的成員，雄太兩年前接受了自己施行的Batista手術。

雄太是龍太郎在非洲充當志願者時認識的海外青年志願者隊成員的兒子，患有嚴重的擴張型心脈症，當時在當地沒有其他方法只能給孩子動了手術。但經過幾年後現在他的心臟機能已經惡化。

美和兩夫妻雖然也曾考慮過給孩子移植心臟，可惜卻因為費用太高望而卻步。雄太的父親已經因疲勞過度去世，只能指望龍太郎的高超技術了。

如果持續現在的狀態，雄太就只剩下兩個月的生命了，在日本要給小孩子做心臟移植手術是萬分困難的，龍太郎不得不和藤吉把這一點告訴美和，受不了刺激的美和衝到了醫院後園去。藤吉把雄太的現狀告訴了看著美和的一美，並告訴詢問解決之道的一美，手術成功率只有1%，不只是患者親人賭不起，醫生們也沒可能答應動手術。

這天晚上龍太郎在中庭看到了正獨自練習手術的阿登，他希望自己能擁有龍太郎和誠二那樣高超的技術。

第十集力戰！ ！命運的心臟移植

龍太郎為野口賢雄做的手術成功了，但當初龍太郎答應給野口做手術，是向片岡一美提出了交換條件要帶領醫龍小組回到明真的，野口卻拒絕更不再和一美繼續合作。並向龍太郎提出如果要返回明真，就必須連音部雄太的手術也成功。

接受這個條件的龍太郎帶著醫龍小組暫時返回明真。帶領鬼頭小組的鬼頭笙子即將給VIP病人山野文彥執刀，龍太郎也開始給雄太診治。雖然現在醫龍小組已經有了包括小高七海在內的一幫醫術高超的醫生，但和鬼頭的病患相比，要給年僅9歲的雄太做心臟移植成功機率實在太低。龍太郎卻絲毫不理會成員們的憂心忡忡，不斷催促他們趕快為手術做準備。

這天龍太郎命令阿登加入鬼頭小組，並告訴為此不滿的阿登，鬼頭的手術在先，希望阿登藉機先學習然後再為雄太的手術做準備。

另一方面，野口在得知阿登要加入鬼頭的小組後笑得合不攏嘴，他認為如果雄太在找到合適的心臟以前就死亡，龍太郎就沒藉口再回明真了，而能把年輕有為的阿登留在明真則是最理想的。

第十一集命運的4小時！ ！最後的手術

原本要給鬼頭笙子醫療小組病患的心臟，最終因患者山野文彥拒絕手術，決定把心臟給醫龍小組的9歲患者音部雄太。野口決定在鬆平幸太郎給雄太施行活體肝移植手術的同時，龍太郎給雄太施行心臟移植術。

很快手術開始了，所有醫護人員都聚集在一起緊張地關注著手術，久違的霧島軍司突然出現在人群中。

負責去取移植用心臟的阿登遇到了麻煩，他困在了山里，得知這個消息的片岡一美趕緊派出了直升飛機。

移植用心臟及時拿回來了，雖然心臟移植手術一度出現問題，最終還是順利結束。

手術成功了，在慶功宴上野口不斷誇耀自己的功績，正當他說得口沫橫飛的時候，背後的大屏幕卻開始曝光野口的醜聞，一時之間周圍的人哄堂大笑，野口則狼狽不堪。

把雄太送進ICU房間的龍太郎和阿登在山野的幫忙下見了鬼頭，山野指出霧島持有將來會取代真心臟的人工心臟，鬼頭和霧島將聯手拯救一個生命。

幾天后，在野口以前的辦公室裡，片岡一美向善田提出了全新的經營方針。明真將成為全能型的綜合醫院，北洋也將做出相應調整。 （全劇終）