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從前是指揮難民營中世界級別救命醫療隊伍醫龍的天才外科醫生的朝田龍太郎，和覬覦教授座位的野心助教授（稲森泉），同醫院的腐敗鬥爭的故事。
在這個以教授為頂點的封建社會裡面，當權者將瀆職和醫療失誤視為理所當然，肆無忌憚地讓人成為犧牲品。為了改變這個封建社會，加藤晶(稲森泉)決定與朝田龍太郎(坂口憲二)合作。

朝田龍太郎(坂口憲二)：四年前曾跟隨北日本大學參加MSAP，曾帶領MSAP最好的醫療隊伍TEAM MEDICAL DRAGON“醫龍”。因為某件事的關係被開除，變得自暴自棄，放棄了當醫生隱居，直至遇上加藤晶……

加藤晶(稲森泉)：明真大學附屬醫院，胸肺心臟科助理教授。為了當上教授糾正大學醫院，決定寫一篇關於超高難度手術－BATISTA(心臟縮小手術)的論文。三年前曾於非洲某國難民營． MSAP醫療中心目睹“醫龍”的高超技巧，留下了深刻印象。因而找來了朝田。

伊集院登(小池徹平)：實習醫生，因為還沒被日本醫療制度污染而被朝田看上，並當上了BATISTA的隊員，就這樣開始了地獄般的人生？一方面討厭朝田的性格，一方面崇拜朝田的技藝。


分集劇情：
第1集擁有神力的雙手
天才外科醫生朝田龍太郎（坂口憲二飾演）4年前曾經率領萬人醫療隊在世界最高級別的醫療小組“Team Medical Dragon”簡稱“醫龍”中工作。由於沒有聽從所屬北日本醫學院附屬醫院院長的命令回國，在服務期滿後仍繼續留在戰地工作，龍太郎被北日本醫學院附屬醫院解僱，其他醫院也都因為這一事件拒絕聘用他。於是，龍太郎在一所偏僻的海邊小診所替人治病療傷。

一天，明真大學附屬醫院胸外科的副教授加藤晶（稻森泉飾演）突然造訪龍太郎。原來加藤晶為了登上教授的寶座，希望龍太郎能夠加入到自己研發新式心臟外科手術的隊伍中。加藤晶所研究的新式心臟外科手術是胸外科手術中最新的技術，龍太郎雖然吃驚，仍欣然答應。

這邊，明真大學附屬醫院的實習醫生伊集院登（小池徹平飾演）正對著一名植物人患者訴說著自己的煩惱。原來，在這所醫院中，一名醫生要想出人頭地，靠的不是實際的醫術，而是要懂得看上司的臉色行事，要學會與醫藥廠商搞好關係。對於這樣的醫風，阿登感到十分困惑。和阿登不同，另一位實習醫生木原毅彥（池田鐵洋飾演）更關心的是如何泡妞交女朋友。就這樣，龍太郎來到明真醫院的第一天就無意中聽到了兩位年輕的實習醫生的心事。

　加藤晶出席胸外科醫生行會。席間，北日本大學醫學院附屬醫院的胸外科醫生霧島軍司（北村一輝飾演）也有出席，作為北日本大學醫學院附屬醫院胸外科教授的首席候選，北村在業界小有名氣，而且，北村和加藤晶還是情侶關係，二人曾共同發誓要一統日本胸外科醫學界。加藤晶詢問北村認不認識龍太郎，北村搖頭否認。而事實上，北村與龍太郎是當年同期進入北日本大學醫學院附屬醫院的實習醫生，北村為什麼要說謊呢？

此刻，明真醫院突然接到了由於交通事故而胸部受到強烈撞擊的急診病患……

第2集神的手與惡魔的藥

因為醫院方面對龍太郎仍存有偏見，加藤晶被迫安排龍太郎和阿登一起值夜班。且院方規定龍太郎不得單獨進行手術。

一天深夜，突然有一名患急性闌尾炎的女病患被送到了明真醫院。龍太郎和阿登一起前往手術室。龍太郎要阿登主刀，阿登說自己經驗不足，到目前為止只做過4例手術，不敢主刀。龍太郎斥責阿登：“如果在國際醫療隊的話，你這個年紀的醫生早就動過上百次手術了！”阿登不得不拿起手術刀。然而，阿登並沒有在書本所記載的位置找到這名病患的闌尾，在龍太郎的指導下，阿登終於有驚無險地完成了手術。龍太郎告訴阿登，要想成為一名優秀的外科醫生，一定要在實踐中不斷學習。

當二人走出手術室，在醫院走廊裡聽到了一名女病患痛苦的呻吟。詢問護士後得知，這名女病患到了肺癌晚期，因為服用抗癌劑，所以引發了一些副作用，非常痛苦。龍太郎詢問抗癌劑的藥名後得知，這是一種新藥，目前尚處於臨床試用階段。龍太郎不顧阿登的反對，調出了這名女病患的資料，在看過病人病歷後，龍太郎要求主治醫師和院方馬上停止給這名病患服用抗癌劑。然而，醫院方面根本不把龍太郎的話當回事。

院方把對龍太郎的不滿遷怒於加藤晶，命令她寫出深刻地檢討。加藤晶的戀人霧島勸解加藤晶，看著龍太郎在醫院裡惹出這麼多麻煩，幹嘛還非要他加入全新心臟手術的研究小組。

一天夜裡，突然有一名發生交通意外的病患被送到了明真醫院。阿登要對病患實施搶救時卻接到急診部的通知，告誡阿登不要擅作主張。原來，這是一名不明國籍和身份的外籍男子……

第3集

內科醫生藤吉的女兒患心髒病住在明真大學醫院，藤吉堅持用內科方法治療自己女兒的病。野口教授收到朝田幾次未經允許擅接病人的報告，但他又想利用他做成Batista手術，於是命令他為藤吉的女兒做心臟手術，他可以親眼證實一下朝田的醫術。藤吉知道後極力反對，因為他不願讓女兒冒風險，寧願辭職也要保護女兒的安全。因為他不相信朝田，在醫院的施壓下，藤吉辭職準備帶女兒離開，就在那時，他自己卻突發心髒病昏死在街頭，朝田與伊集院見狀用隨身攜帶的心臟起博器（本來是要送往另一家醫院的，卻派上了用場）為藤吉在街頭做了一次驚心動魄的搶救手術，乾淨、漂亮的醫術讓伊集院佩服不已。甦醒後的藤吉相信了朝田，決定讓他為女兒做手術，但是當朝田看完病歷後卻得出了相同的結論：小女孩並不用做手術，隨著年齡增長，病會自愈。朝田又一次得罪了野口教授，而藤吉卻主動加入了Batista手術小組。

第4集

伊集院依然在為是否進入Batista手術小組而內心激烈鬥爭著，另一方面，原本定為朝田實施的弓部大動脈手術因為搶救藤吉而被北日本大學的教授霧島軍司所執行，野口教授看在眼裡，心裡極為不爽。同時，急救部的鬼頭醫生又看中了朝田，承諾以2000萬年薪把他招入急救部，朝田並未答應鬼頭的請求，但他卻依然喜歡戰斗在緊張的搶救現場。這天，急診中心送來了三名病人，他們都是因為心髒病突發而暈倒，經過診斷，朝田發現了一個奇怪的事實，即這三人所使用的心臟起博器都是由米拉公司生產的SP200型，他又翻查了一年內的紀錄，發現所有使用此心臟起博器的病人病名都是心不全，主治醫生都是衝。朝田仔細做了實驗，發現這種心臟起博器存在著質量缺陷，也就是劣質產品，它在遇到微小電磁波干擾時會突然失靈導致病人病發。朝田要求收回SP200的所有產品，但是衝卻極力反對，因為這個產品正是野口教授推薦使用的，如果收回不正是擺明了要和野口作對嗎？野口知道後陰險的把朝田調入富士山溫泉醫院而指名衝擔當稻垣（就是三個病人中年齡最小的病患）的主治醫生，正當衝要把劣質心臟起博器再次植入稻垣體內時，伊集院勇敢的阻止了衝的行為，雖然他嚇得雙腿發抖。千鈞一發之際，朝田再次出現在手術室，他把劣質產品狠狠踩碎，在藤吉和美紀的幫助下，朝田幫稻垣植入了功能良好的心臟起博器。陰險的野口知道了這件事情后，利用權力嫁禍衝把他趕到鄉下醫院，而把朝田留了下來，以此來維持自己的“權威”和“名譽”。通過這次事件，伊集院終於決定加入Batista手術小組，而朝田又開始尋找優秀的麻醉師。

第5集

Batista手術越來越近，明真醫院確定了兩例病患需從中選擇一名來做這次尚無前例的高難度手術，兩名病患分別是16歲的高中女學生村野裡奈和55歲的前明真醫院心胸外科護士長奈良橋文代。兩份病歷捏在加藤醫生手中，她正考慮最後選擇哪個做Batista手術，顯而易見的是，加藤做為功利性強，有著強烈的往上爬的慾望的醫生，她自然是選擇了整體狀況較好的16歲女學生，這樣手術的成功率就會大大提高，因為她的論文是不允許任何失敗的數據出現的。朝田卻持著相反的意見，他認為論文和患者是無任何關係的，應該選擇最需要手術的病人做為手術對象。患者奈良橋文代其實在加藤心中佔著重要地位，正是她從她最初踏上醫學道路時一路陪伴，耐心傾聽她的心聲，幫助她渡過事業的難關，是無法輕易忘記的深厚感情，只是不知從何時起，發誓要改革腐敗大學醫院的自己也變得和大多數的一群一樣，只為了名利不擇手段往上爬。加藤看著病床上已生命垂危的奈良橋，一幕幕往事象放電影般在腦海中流過，奈良橋並不知情，她依然把加藤當成最好的醫生，並說如果由她來做手術，就算死了也甘心了。加藤在母親般的老護士長面前掉下淚來，她的防線終於崩潰，她最終改變了主意，選擇了奈良橋文代做為手術對象，朝田從心底讚賞，但是加藤依然堅持手術、論文同等重要。同時，伊集院也通過了加藤的考驗，做為第二助手出現在Batista手術小組中間，令人矚目的Batista手術即將開始了。

第6集

Batista手術開始了，全明真醫院的醫生都在現場或通過錄像觀看這場史無前例的手術，野口更是比別人多了幾分心，因為一直以來令他不爽卻又沒奈何的朝田就要在此次手術中見分曉了。朝田、加藤、伊集院、美紀等人開始了緊張的手術，朝田絕頂的醫術和冷靜的頭腦無不令在場的人感到驚嘆。在朝田的主刀下很快找到了奈良橋心肌壞死的部分，他用行雲流水般的技術切除了病灶，病變的心臟終於恢復了正常，Batista手術宣告成功，野口大大鬆了口氣，但就在縫合胸腔之際，朝田卻發現奈良橋右心室也出現了問題（這在手術前沒有檢查出來），需要做搭橋手術，否則必死無疑。野口深知手術危險，他狂吠著要求停止手術（因為病人如果死在手術台上，那麼一切都前功盡棄了），但是朝田卻決定再做右心室搭橋手術，對他來說病人的生命才是第一位的，他堅定的表情和不容置疑的話語打動了加藤，他們不再理會野口，決定繼續手術。由於伊集院雙手已接觸過儀器，所以需重新進行消毒，但情況已十分緊急，朝田果斷的下令讓看護士美紀進行血管採集的手術，這一舉動無疑又炸開了鍋，看護士是絕對禁止手術的，但是在人手缺乏、情況危急的現場，朝田還是堅定了自己的決定，美紀熟練的採集了血管（事實證明，她的技術比有的醫生還棒），為手術爭取了時間。大家跟著朝田的節奏越來越默契，彷彿完全溶在了一起，手術最後宣告成功。但是等待他們的依然是審問和質疑。野口以明真大學做成了日本首例Batista手術，所以暫時沒有懲罰朝田、美紀等人，但是隨後的消息卻讓眾人目瞪口呆，明真並不是首例Batista手術成功者，首例成功者是北日本大學醫院的霧島軍司，他和朝田龍一郎到底有什麼關係？他們之間又將有一場怎樣的較量呢？

第7集

加藤怎麼也沒料到自己的情人霧島軍司會搶在自己前面做成了Batista手術，但是更讓人吃驚的是，原來霧島軍司竟然是美紀同父異母的哥哥。美紀把自己的情況詳細的告訴了加藤。若干年前，美紀與母親搬進了父親的家，但是父親並不認同這母女倆，也不讓她們姓霧島，美紀和母親在家被當作傭人來看，高傲自我的哥哥霧島軍司更是以把美紀控制在自己手心為樂。當時的霧島已是北日本大學醫院頗有作為的醫生，而朝田龍一郎當時也在北日本大學醫院，兩人是工作上的伙伴，但是一次手術過程中的分歧讓霧島極為不爽，因為朝田龍一郎勝他一籌的醫術令他狂怒忌妒，也正是那個時候霧島覺得自己比不過朝田龍一郎。為了剷除心頭的絆腳石，霧島利用一次醫療事故嫁禍於朝田，醫院方面自是相信了八面玲瓏的霧島，而把叛逆、難以馴服的朝田開除出局，但是只有美紀心中明白，這一切都是哥哥搞的鬼，因為他的眼中容不得別人比他好，美紀義無反顧掙脫了哥哥的控制，追隨朝田到了異國他鄉，在緊張的搶救第一線學到了許多東西。所以，霧島軍司之所以千方百計做成日本首例Batista手術，就是為了要報復朝田比自己的優秀和美紀對自己的“背叛”。與此同時，朝田開始動手尋找麻醉師，荒瀨精湛的技術很讓他佩服，但是這個終日醉薰薰的人卻只為了錢而出賣自己的技術，並且有過為了收取賄賂給病人試藥而致多名病人死亡的記錄，但是朝田卻認定了他的技術，並且一語中的的說出：好的麻醉師最希望的是與好的醫生合作。明真醫院第二例Batista手術又將開始，霧島軍司卻在為解散明真醫院Batista手術小組而頻繁活動著，他們終於不可避免的站在了交鋒之地。

第8集

野口教授退休後的繼位人被明真大學醫院提到了議事日程上，但是野口依然有決定繼位人的權利。霧島軍司依然在為解散明真大學Batista手術小組而努力著，事實證明，他與野口在背地裡已達成某項協議。朝田、加藤等人開始準備第二例Batista手術，臨床工學士經由加藤推薦找到了優秀人選，剩下的便是麻醉師了。朝田認准了終日醉薰薰的荒瀨，並讓伊集院與他接觸。荒瀨把伊集院帶到了自己買醉的酒吧，在那兒，伊集院認識了小香—一個多年來一直默默關注著荒瀨的女孩，從她嘴裡，伊集院了解了荒瀨的情況。但隨後就在小香出門買東西的時候，卻不幸遭遇暴力事件，她被兩顆子彈打中胸部和大腿，生命危在旦夕。伊集院發現後大驚，荒瀨也完全忘記了自己的醉態，對小香實施了緊急救護措施。在送往醫院的途中，小香漸漸沒了心跳，荒瀨在對自己良心極度譴責中絕望起來，他甚至不敢再看一眼掙扎在死亡邊緣的女友。到達醫院後，朝田迅速展開了救治措施，他與鬼頭醫生相互配合，後來荒瀨也進入手術室成為手術一分子，朝田精湛的醫術終於把小香從死亡邊緣拉了回來，荒瀨也在手術中感受到了朝田的力量，他最終答應了朝田的要求，這樣Batista手術小組的成員就齊全了。而與此同時，野口向加藤宣布了自己繼位人的名字，這個人並不是加藤，而是霧島軍司，加藤剎那驚呆了。

第9集

眾人得知加藤已沒有希望當上教授後十分震驚，霧島軍司也從北日本大學轉到了明真醫院，準備就任下一屆的心胸外科教授。同時，朝田龍一郎的第二例Batista手術也即將開始了，對象便是那位16歲的高中女生。手術過程中，各人完美的配合著，加藤看著眼前的隊伍，下定了某種決心。手術成功完成後，加藤找到野口，野口以為她還要繼續理論自己當教授的事情，正不耐煩間，加藤卻說她早已不想當教授了，還把自己研製的論文數據交了出來，說自己的研究成果都可以給霧島軍司，只是希望明真不要解散Batista小組，這下輪到野口有點吃驚。朝田龍一郎、伊集院等人得知加藤要以辭職來挽回Batista小組時，大家都非常激動，說缺少了加藤的隊伍是不完整的，加藤看著眼前的好友，眼淚控制不住的滾落下來。朝田找到鬼頭教授請求她推薦加藤，因為只要有教授推薦，就可以做為候選了。鬼頭雖然表面不置可否，但是心裡卻很欣賞朝田的才能，在教授會議上，她提出了改革方案並提名加藤做了候選人。同時，霧島開始接觸伊集院，他希望伊集院到自己的手下工作，這讓伊集院十分惶恐。第三例Batista手術又將開始，眾人接到病歷後都大吃一驚，因為病患不僅是心股擴張，還是概率極小的內臟反轉，並且只有9個月大。朝田考慮再三後，向野口表示自己準備放棄這個手術。

第10集

霧島軍司開始拉攏伊集院，而朝田龍一郎也放棄了第三例Batista手術，事情向著極其微妙的方向前進。與此同時，教授會議也正式召開了，會議就野口和鬼頭所提出的改革建議進行投票，勝者就能一步登天，而敗者就有可能被掃地出門。霧島軍司為了登上教授位置與野口合夥同謀，商量著如何在最後的投票中打敗鬼頭一派。朝田放棄了Batista手術，這讓孩子父母極為憤怒，他們認為朝田等人與其他醫院的醫生並無兩樣，朝田並不多說什麼，他開始著手安排孩子轉院，此舉傷透了孩子父母的心，孩子轉院安排在了教授會議當天。當天，伊集院找到霧島，聲稱自己既然已是他手下的人，就想知道此次選舉的詳細情況，霧島把事情原委都告訴了伊集院。就在野口自覺萬無一失、勝算在握的時候，朝田等人發起了反攻，他們突然決定給孩子做手術（選在教授會議這天，正是有理由不需通過教授同意而有權力做緊急手術），伊集院蒐集到情報後也表明了自己的立場，說自己無論如何也無法跟隨霧島的腳步，霧島一時怔住，但隨即又露出了陰險的笑容。第三例Batista手術開始了，優秀的團隊重又聚集在一起，為了這個手術，他們已經策劃了很久，但是手術中他們卻發現了一個意外，這個意外正是霧島留給他們的致命一擊，這個嬰兒還患有其它不能手術的病症，霧島故意隱瞞病情，這讓手術氣氛一時緊張到了極點。

最終回

大家面對患者被故意隱瞞病情的事實，一時不知該如何處理，加藤打算停止手術，隨後趕來的野口等一眾醫生也屏住呼吸觀望事態發展，其餘醫生則通過屏幕看著這場手術。朝田深思片刻後果斷的下了決定，他不打算停止手術，而是通過從胃部抽取一根血管連到心臟，以此做一個搭橋來解決面臨的難題。他的想法令手術組成員信心大增，在朝田的指揮下，手術繼續進行，事實證明，朝田以其精湛純熟的醫術解決了難題，之後的步驟就可以再進行Batista手術了。霧島通過屏幕看到了朝田無人出其之右的醫術，想著自己的最後一招也被朝田闖過之後，他開始徹底絕望，失魂落魄的走上大街。同時，小患者的Batista手術即將開始了，朝田等人正有條不紊的進行手術，正在此時，卻從急救部傳來了驚人的消息，霧島從高處墜樓（他選擇了自殺），身體多處受傷，生命垂危。木原衝進手術室，懇求朝田救救霧島（因為霧島對於木原還是心存誠懇，所以最後木原不忍看著霧島死去），朝田得知消息後，一邊是性命攸關的Batista手術，另一邊也是性命攸關的急救手術，他深思片刻後做出了果斷的決定，他請加藤暫時做主刀，伊集院擔任第一助手，而他準備去搶救霧島，看著心跳已經停止的霧島，朝田利用腦死亡前的最後4分鐘，用行雲流水般的神速替他縫合了所有的傷口，並且進行了心臟按摩，最後時刻，霧島的心臟終於恢復了跳動，朝田不由鬆了一口氣。返回Batista手術現場，朝田又執刀繼續進行手術，並且在這例手術中運用了新的方法，這個新的方法足以顛覆以往的舊方法，將是里程碑式的一個實踐，朝田以其極盡完美的手術折服了所有的醫生，大家報以熱烈的掌聲，只除了野口，因為他知道他拼命想得到的一切已經化為泡影。傷癒後的霧島選擇去了美國，臨走前，他由衷的對朝田說：你才是最好的外科醫生。朝田則決定離開明真，依然選擇了去往戰火紛飛國家的萬人治療隊，Batista手術小組成員給予了他最深的祝福，朝田帶著眾人的祝福，又一次投身於醫療的最前沿。